De geschiedenis van Hampton Court kan worden nagetrokken tot in 1086, wanneer het landgoed van "Hamtone" werd beschreven in het Domesday Book. Rond het midden van de 13e eeuw was het in handen van de Hospitaalridders, die er een herenhoeve exploiteerden op de plaats waar het huidige paleis zich bevindt. In 1338 werd de hoeve aangepast om er hoge gasten te kunnen ontvangen; een en ander had wellicht te maken met de naburige verblijfplaats van Eduard de Zwarte Prins in Richmond.
Toen Hendrik VII Tudor deze residentie van Richmond liet herbouwen, verbleef zijn zwangere echtgenote Elizabeth van York in januari 1503, kort voor haar dood (in het kraambed), gedurende één week op het landgoed van Hampton. Twee jaar later werd het domein verpacht aan Giles Daubeney, de Lord Chamberlain van Hendrik VII, die er graag verbleef. Op 24 juni1514 kwam Hampton uiteindelijk in handen van kardinaal Thomas Wolsey. Deze had al lange tijd zijn oog laten vallen op het prachtige landgoed, dat hij, op advies van zijn lijfartsen, wenste uit te bouwen tot zijn weelderige residentie. In 1514 begonnen de bouwwerken (tot 1521) van wat één der prachtigste paleizen in Europa moest worden, opgetrokken in de zogenaamde Tudorgotiek. Het paleis en de omringende tuinen vielen erg in de smaak van koning Hendrik VIII, die zich bij zijn talrijke bezoeken vaak op nadrukkelijke wijze liet ontvallen dat hij het wel een aardige attentie zou vinden indien de kardinaal het hele landgoed aan zijn vorst zou schenken… En toen Wolsey er niet in slaagde de pauselijke goedkeuring te verkrijgen voor Hendriks plannen om zijn huwelijk met Catharina van Aragon op morele gronden te laten ontbinden, bleef er hem géén andere keuze dan afstand te doen van Hampton Court en het aan zijn koning te schenken, om zijn hachje te redden. Hendrik VIII liet het paleis vervolgens nog uitbreiden naar de smaak van zijn tweede echtgenote Anna Boleyn.
Fountain Court: een deel van de verbouwingen door Christopher Wren
Het was in Hampton Court dat Jane Seymour, Hendriks derde vrouw, op 12 oktober1537 haar langverwachte zoon Eduard baarde. Zij zou er ook enkele dagen later overlijden ten gevolge van postnatale verwikkelingen.
In 1604 belegde koning Jacobus I in Hampton Court een belangrijke ontmoeting met een delegatie van Engelse puriteinen (de Hampton Court Conference). Deze conferentie leidde tot de publicatie van de King James Bible in 1611.
150 jaar na de dood van Hendrik VIII besloot het koningspaar Willem en Maria de residentie van Hampton Court te verbouwen en uit te breiden. Ze vertrouwden de supervisie toe aan Christopher Wren, die een aanzienlijk deel van de gebouwen uit de Tudortijd liet neerhalen, maar na de dood van zijn echtgenote verloor Willem zijn belangstelling voor het project. Maar het was alleszins in Hampton Court dat hij in 1702 van zijn paard viel, en daarbij zijn sleutelbeen brak. Hij zou een tijdje later overlijden aan de gevolgen van dit ongeval (in Kensington Palace).
Ook zijn opvolgers verbleven er bij voorkeur, maar sinds 1760 verkoos George III niet langer te resideren in Hampton Court. De verdreven stadhouder Willem V van Oranje-Nassau woonde rond 1799 in Hampton Court Palace. Onder koningin Victoria werd het paleis een museum.
