Kort voor het einde van de monarchie was hij minister voor publieke werken en sociale zaken in het kabinet Lammasch. Hij was van 1921 tot 1930 fractieleider en partijvoorzitter van de Christen-sociale Partij. In deze periode werd hij Bondskanselier (1922 - 1924), saneerde de overheidsfinanciën en introduceerde de nieuwe Oostenrijkse munteenheid schilling. In deze regeerperiode kwam het tot een drastische inkomensachteruitgang onder de bevolking en stijgende werkloosheid. Op 1 juni1924 werd een mislukte aanslag op zijn leven gepleegd waarop hij terugtrad. Hij bleef evenwel fractieleider.
Twee jaar later (van 1926 tot 1929) was hij wederom Bondskanselier. Hij maakte het nu tot een essentieel punt van zijn politiek de sociaaldemocratie te bestrijden. Hiertoe sloot hij zich met de Grootduitse Volkspartij en de zogenaamde Landbund tot een anti-marxistisch front aan. Bovendien versterkte Seipel de rol van de fascistische Heimwehr. Na in 1929 teruggetreden te zijn werd hij in 1930 korte tijd minister van buitenlandse zaken in het kabinet Vaugoin.
Seipel ontwikkelde een visie op de staatsinrichting, die zonder partijen vorm zou moeten krijgen. Met het idee van een autoritaire, corporatieve en katholieke staat stond hij dicht bij het concept van de fascistische staat. Hij bereidde daarmee de bodem voor de dictatuur van Engelbert Dollfuss en diens toenadering tot Mussolini en de Hongaarse leider Miklós Horthy.
Terugkerend van een reis naar Palestina werd hij ziek en stierf daarop in 1932.
