Axelsson is sinds december 2018 activiste en betrokken bij Fridays for Future Zweden als organisator van schoolstakingen voor het klimaat.[3] Samen met haar zus Sophia was ze in oktober 2019 aanwezig op de prijsuitreiking van de milieuprijs door de Noordse Raad om namens Greta Thunberg en Fridays for Future de prijs te weigeren omdat "de Scandinavische landen veel te weinig hadden gedaan voor het klimaat en ze geen prijzen nodig hebben maar machthebbers en politieke leiders die luisteren naar de milieuactivisten".[4]
Op 18 januari 2021 verscheen het boek Gemeinsam für die Zukunft – Fridays For Future und Scientists For Future, van David Fopp, met medewerking van Isabelle Axelsson en Loukina Tille.[7]