Egmond koos in 1572 de kant van Willem de Zwijger, en speelde een veelzijdige rol in de verdediging van Holland. Hij kreeg in 1574 het bevel over een aantal vendels. In 1575 werd hij door de Staten van Holland benoemd tot commissaris van de monstering. Aan het eind van het jaar werd hij naar Overflakkee gestuurd om te voorkomen dat de Spanjaarden er een invasie zouden doen. In 1583 was hij opperbevelhebber van Diksmuide, dat in 1583 toch in Spaanse handen viel.
Jacob van Egmond liep mee in de begrafenisstoet van Willem van Oranje. Hij droeg het wapen van Willem van Oranje.
Hij werd door de Staten van Holland meerdere keren afgevaardigd in de Staten-Generaal, waarvan hij zelfs voorzitter werd. Als gedeputeerde kreeg hij de opdracht om prins Maurits de eed af te nemen. Bovendien werd hij als leider van een afvaardiging naar koningin Elizabeth I van Engeland gestuurd. In 1590 werd Jacob van Egmond benoemd tot gedeputeerde namens de Staten van Holland bij prins Maurits. Eigenlijk moest hij erop toezien dat het geld dat de Staten beschikbaar hadden gesteld op de juiste wijze werd besteed.