Baecke debuteerde in 1976 als linksachter in het eerste elftal van KSK Beveren. Hij veroverde al spoedig een basisplaats in de ploeg en bleef er tot in 1986 spelen. Met Beveren werd Baecke tweemaal landskampioen (1979 en 1984) en won hij tweemaal de Beker van België (1978 en 1983).
In 1986 verhuisde Baecke voor een seizoen naar KV Kortrijk en voetbalde er nog 21 wedstrijden. Daarna zette hij een punt achter zijn spelerscarrière op het hoogste niveau. Baecke speelde 309 wedstrijden in Eerste klasse en scoorde tien doelpunten.[2]
Na zijn voetbalcarrière ging Baecke werken bij een stookoliehandelaar en nadien in een aluminiumbedrijf. Zijn vrouw had een café, waar hij eveneens een aantal jaren meehielp, doch dat café moest later dicht.
Marc Baecke was roker en leed aan de ziekte van Buerger.[3] Dit leidde tot ernstige pijn en verdere complicaties waardoor zijn linkerbeen in 2015 moest geamputeerd worden.