In 1897 werd de eerste voetbalclub in Caen opgericht onder de naam l'UA Lycée Malherbe. In 1908 veranderde de club haar naam in Club Malherbe Caen. Vijf jaar later, in 1913, volgde een fusie met het lokale Club Sportif Caennais waarna de fusieclub verder ging onder de huidige naam: Stade Malherbe Caen.
Caen ontving in 1985 de status van professionele voetbalclub door de Franse voetbalbond. In de periodes 1988–1995, 1996–1997, 2004–2005, 2007–2009, 2010–2012 en 2014–2019 kwam Caen uit op het hoogste niveau, Ligue 1.
Sinds juli 2024 is Kylian Mbappé met zijn eigen investeringsfonds Coalition Capital meerderheidsaandeelhouder van de club.[1] Coalition Capital nam het pakket over van Oaktree Capital Management.[2] De overige aandelen zijn op dat moment nog in handen van filmproducent Pierre-Antoine Capton. Voormalig Frans-international Yann M'Vila werd de eerste aanwinst van het Mbappé-tijdperk.
