Hij werd door Antonio López de Santa Anna op 1 februari1844 tot president aangewezen, en was feitelijk slechts een marionet. Op 4 juni1844 trad hij af ten gunste van Santa Anna, maar op 7 september werd hij door de senaat weer tot president benoemd. Nadat er op 29 november1844 een wet werd aangenomen die de macht van het congres ernstig beknotte brak er een opstand uit onder de bevolking. Canalizo ontbond daarop het congres geheel, en gaf opdracht het te beschieten, wat niet uitgevoerd werd. De opstandelingen wonnen de revolutie. Canalizo en Santa Anna werden gedwongen het land te verlaten.