De vlag van waterschap Westerkwartier is op 12 juni 1989 vastgesteld als de vlag van het waterschapWesterkwartier. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Op een rode broeking van 1/3 vlaglengte een zwarte drakenkop boven een wit verticaal zwaard; een vlucht van vijf golvende banen van groen en wit.
De ontwerper van de vlag is onbekend. De vlag is afgeleid van het wapen.
Vanaf 1995 is de vlag niet langer als de vlag van deze waterschap in gebruik omdat het waterschap Westerkwartier in het nieuwe waterschap Noorderzijlvest op is gegaan.
