Breuker werd geboren in Amsterdam. Als kind leerde hij klarinet spelen; later ging hij ook verschillende saxofoons bespelen. Hier ontwikkelde Breuker al een sterke afkeer van muziektheorie en oefenen, en een voorliefde voor spontaniteit. Zo kwam hij begin jaren zestig in de jazzwereld terecht. Hij beoefende de streng-experimentele free jazz met zijn vijfmanscombo Free Jazz Inc., waar hij echter kort na de oprichting in 1965 weer uitstapte, omdat hij, hoewel zelf ook links, de mede-comboleden wel erg politiek geëngageerd vond; zozeer dat dit hun idee van de muziek zou overschaduwen.
In 1966 kwam hij in de finale van het Loosdrechts Jazz Concours met een experimenteel stuk: Litanie voor de 14e juni 1966, refererend aan het Bouwvakkersoproer.[2] De finale werd op televisie uitgezonden en vestigde Breukers naam. Hij trad enkele keren op in de bigband van Boy Edgar, die echter zijn composities niet accepteerde. Hij speelde tevens in het meer vooruitstrevende orkest van Günter Hampel. In 1967 richtte Breuker met geestverwanten Misha Mengelberg en Han Bennink de Instant Composers Pool op. Uit een korte samenwerking met Louis Andriessen werd het Orkest De Volharding geboren, waar Breuker in 1974 werd uitgezet: hij was het niet eens met het idioom.
In dat jaar richtte hij zijn eigen groep op: het Willem Breuker Kollektief. Hierin kreeg elke musicus een evenwaardige plaats als solist en was er steeds ruimte voor zeggenschap over wat er gespeeld werd. Breukers ideaal was het gezelschap onafhankelijk te maken van subsidie, waarin hij niet slaagde.[3] Vanaf eind 1976 organiseerde Breuker de Klap op de Vuurpijl, een muziekavond die steeds rond Oud en Nieuw georganiseerd werd om het culturele vacuüm in die periode op te vullen. Deze traditie heeft het orkest sindsdien met succes volgehouden.
De stijl van Breuker en zijn groep is eclectisch: er worden elementen van klassieke muziek, jazz, popmuziek, wereldmuziek enz. in vermengd tot een geheel waarin iedere speler zijn stem heeft. Onvoorspelbaarheid staat hoog in het vaandel en Breuker laat graag bewust "foute" noten in zijn stukken voorkomen, waarop de solisten dan weer kunnen voortborduren. De componist omschreef zijn muziek graag als 'mensen-muziek': de spelers zijn er niet om een opgelegd werk uit te voeren, maar creëren het in hoge mate zelf.
Breuker was de levenspartner van de Nederlandse actrice Olga Zuiderhoek. Hij overleed op 65-jarige leeftijd na een kort ziekbed aan longkanker. Hij werd begraven op De Nieuwe Ooster; op verzoek van Zuiderhoek maakte Marinus Boezem een beeldhouwwerk voor het Grafmonument van Willem Breuker. Amsterdam eerde op 10 januari 2014 de componist met de Willem Breukerbrug; de brug droeg al zijn naamplaat maar stond tot dan toe bekend als de Zouthavenbrug.[4]
Wat een bende (een kleine woordenwisseling, ik ga maar weer)
Kamermuziek
Bobbert: voor twee altsaxen
Fascinating Appie: voor twee violen, fluit, gitaar en piano, basinstrument en slagwerk ad lib
François le Marin: voor klarinet, trompet, fluit, altsax, trombone, piano en slagwerk
Slaapliedje: voor koperkwintet (twee trompetten, hoorn, trombone en tuba)
Strijkkwartet en het zwarte goud: voor strijkkwartet
Taibe duet: voor twee altsaxen
Vocale muziek met orkest of instrumenten
De boodschap: voor klarinet, tenorsax, zang, sopraansax, altsax, trombone, zang en contrabas
Psalm 122: voor koor, orkest, chazan en draaiorgel (1996-1998)
Muziektheater
1975 – Anthologie: muzikaal theaterspektakel in drie stadia, een proloog en een epiloog; voor 12 solisten, mannenkoor, 2 violen, altviool, cello, contrabas, trompet, hoorn, saxofoon, piano en slagwerker - tekst: Lodewijk de Boer
1977 – De knop: muziek bij een toneelstuk van Harry Mulisch voor het Holland Festival 1977; voor 3 acteurs, fluit (tevens piccolo), hobo (tevens contrabas), hobo (tevens althobo en viool), es-klarinet (tevens klarinet, altsaxofoon, tenorsaxofoon en tárogáto), lyricon (tevens slagwerk), fagot (tevens viool), fagot (tevens accordeon), 2 hoorns (tevens slagwerk), trompet (tevens slagwerk), trompet (tevens altviool), trombone (tevens cello), tuba en slagwerker
Jona, de Nee-zegger: opera in twee actes voor solisten, koor en orkest
1984 – Stroman en Trawanten: muziektheater met Freek de Jonge en het volledige Willem Breuker Kollektief
De Stichting Willem Breuker geeft sinds 2017 elke twee jaar de Willem Breukerprijs aan iemand 'in wiens of wier werk de karakteristieke kenmerken van het oeuvre van Willem Breuker naar voren komen'.[5] De prijs bestaat uit een geldbedrag van 15.000 euro en een kunstwerk van Wim T. Schippers. Tijdens de uitreiking in november worden diverse werken van de winnaar uitgevoerd.