Winssen werd reeds in de Romeinse tijd bewoond, zoals blijkt uit opgravingen. De middeleeuwse bevolking concentreerde zich langs de overloopgeulen van de Waal. Deze bevonden zich waar nu de Leegstraat en de Notaris Stephanus Roesstraat lopen. Het noordelijke deel van de Winssense bebouwing is, waarschijnlijk na een laat-middeleeuwse overstroming, ten prooi gevallen aan de Waal. Een indicatie hiervoor is de locatie van de middeleeuwse kerktoren. Deze ligt namelijk dicht bij de Waal, terwijl we mogen aannemen dat de kerk oorspronkelijk in het midden van het kerkdorp gebouwd is. In de twaalfde eeuw kende men het adellijke geslacht Van Winssen, dat het Huis te Winssen stichtte. Tussen 1321 en 1361 is meerdere malen sprake van het graafschap Winssen.[bron?]
Op 1 januari 1818 werd de gemeente Winssen onderdeel van de gemeente Ewijk. Op 1 januari 1980 werden de gemeenten Ewijk en Beuningen samengevoegd tot de gemeente Beuningen. In de loop der jaren is de bebouwing flink toegenomen. Op 15 januari 2024 werd bekendgemaakt dat het plan Winssen-Zuid, een bouwproject aan de Kennedysingel dat voorziet in vierhonderd woningen, gefaseerd zal worden uitgevoerd.