Göttingen har sitt opphav i ein landsby med namn Gutingi. Landsbyen vart først nemnd i dokument i 953. Byen vart grunnlagd mellom 1150 og 1200 nordvest for denne landsbyen og tok same namn. I mellomalderen var byen medlem av Hansaen og derfor ein rik by.
Som så mange andre universitetsbyar har Göttingen utvikla sine eigne skikkar. Dagen då studentar får utdelt doktorgraden sin, vert dei trekt i handkjerrer frå rådhuset til Gänseliesel-fontenen føre det gamle rådhuset. Her må dei klatre på fontenen og kysse statuen Gänseliesel (Gåsejenta). Dette er eigentleg ulovleg, men noko ein vanlegvis ser gjennom fingrane med i desse tilfella. Ho er rekna som ein av dei mest kyssa jentene i verda.
Dei allierte sine bombetokt under den andre verdskrigen rørte nesten ikkje Göttingen i det heile tatt. Ein uskriven regel mellom britane og nazistane var at nazistane ikkje skulle bombe Cambridge og Oxford mot at dei allierte ikkje skulle bombe Heidelberg og Göttingen. Dei indre områda av Göttingen er i dag ein attraktiv stad å bu med mange butikkar, kafear og barar. Mange studentar buset seg her og gjev Göttingen eit ungt andlet.
Økonomisk er Göttingen kjend for produksjon av optisk og finmekanisk maskineri, inkludert Carl Zeisslysmikropskop.
