I august vart 1519 Zürich råka av ein pestepidemi som drap rundt ein fjerdedel av innbyggjarane. Medan mange flykta frå byen vart Zwingli verande. Han vart pestsjuk i september, og var nær ved å døy. Han skildra seinare den andelege forståinga si av sjukdommen i diktet «Pestlied».
Zwingli gjorde offentleg opprør mot den katolske læra i 1522, då han ope braut fasten i fastetida. Han hadde også vorte hemmeleg gift med enkja Anna Reinhard tidlegare dette året, og var open motstandar av dei katolske sølibatreglane for prestar.[1] Etter fleire kranglar med katolikkane let byrådet i Zürich halda ein disputas om reformasjonen i 1523.[1] Magistraten anerkjende standpunktet til Zwingli som det rette og reformasjonen vart gjennomført i Zürich. Klostera vart avskaffa og prestane fekk pålegg om protestantisk forkynning. I 1525 avskaffa Zwingli bilde, altar, orgel og salmesong i kyrkjene og innførte ei ny gudstenesteordning som skulle byggja på skriftlesing, bøn og preken med enkel altergang fire gonger i året.[1] Frå 1525 til 1529 arbeidde han med ei bibelomsetjing som blei til Zürich-Bibelen eller «Zwinglibibelen».
Forsøket på å nå eit felles standpunkt med Martin Luther ved religionssamtalane i Marburg (Marburger Religionsgespräche) i 1529 mislukkast på grunn av usemje om nattverden. Zwingli såg på nattverden som ei symbolsk handling, medan Luther meinte at Jesus Kristus var til stades i kjøt og blod.
Gjennom Heinrich Bullinger, etterfølgjaren til Zwingli som leiar for kyrkja i Zürich, virka læra til Zwingli vidare og influerte den reformerte teologien, men i mindre omfang enn Jean Calvin.
Verk
De vera et falsa religione (Zürich 1525)
Amica exegesis (1527)
Fidei ratio (Zürich 1530)
Christianae fidei brevis et clara expositio ad regem christianum (Zürich 1536)
Sämtliche Werke (Zürich 1545 u. 1581)
Litteratur
Hottinger, Huldreich Zwingli und seine Zeit (Zürich 1842)
Tichler, Zwingli, de kerkhervormer (Utr. 1857-58, 2 Bde.)
Christoffel, Zwinglis Leben und ausgewählte Schriften (Elberf. 1857, 2 Bde.)