Jannsen skreiv teksten til den estiske nasjonalsongen, «Mu isamaa, mu õnn ja rõõm», og var far til diktaren Lydia Koidula. Som leiar av organisasjonen som arrangerte den fyrste landsdekkjande songfestivalen i Tartu i 1869, spela Jannsen ei viktig rolle i vekkinga av nasjonalkjensla til estarane.
J.V. Jannsen var òg med på å skipa estiske medie med fleire estiskspråklege aviser, blant dei forløparen til dagsavisa Postimees.