Niue blei folkesett av polynesarar frå Samoa rundt år 900. Nye innvandrarar eller erobrarar kom frå Tonga på 1500-talet. Det niuiske språket er eit polynesisk språk som er nærast i slekt med tongansk.
Dei første europearane som kom til øya var James Cook sin ekspedisjon i 1744.
Cook kalla øya «Savage Island», 'Villmannsøya', ettersom innbyggjarane hadde tenner farga raude. Raudfargen stamma ikkje frå blod, som Cook trudde, men ei lokal raud banan.
Etter nokre hundreår blei det lokale namnet Niu ē, som tyder 'sjå kokosnøtta', teke i bruk internasjonalt.
Øya blei vitja av misjonærar frå London Missionary Society i 1846.
I 1887 tilbaud kong Fata-a-iki øya til Det britiske imperiet i frykt for andre kolonimakter. Øya blei britisk protektorat i 1900, men annektert av New Zealand i 1901. Øya fekk valet i 1974 om ho ville bli sjølvstendig, sjølvstyrande eller framleis vera styrt av New Zealand, og valde sjølvstyre i ei folkeavstemming. Øya er i dag styrt av Niue-forsamling, Niue Fono Ekepule.