Basse-Kotto er et prefektur i Den sentralafrikanske republikk. Det ligger sørvest i landet og grenser til prefekturene Ouaka, Haute-Kotto og Mbomou. Det grenser også til landet Den demokratiske republikken Kongo. Grensen til Kongo er elven Ubangi.
Basse-Kotto er delt inn i fire underprefekturer.