Fra 1964 til 1984 virket han som vikar og sogneprest i Niedersynderstedt ved Weimar. Fra 1973 var han samtidig studentprest i Weimar. Han ble medlem av blokkpartietCDU i DDR i 1976 og deltok i partiets arbeid i rammen av Demokratischer Block. Han forlot partiet i 1984.
Fra 1979 var han aktiv i fredsbevegelsen, og kom dermed i konflikt både med de kommunistiske makthaverne og de deler av sin egen kirke som tilpasset seg regimet. Han deltok også på Christliche Friedenskonferenz. Hans bøker ble utgitt i vest under pseudonymet Christian Joachim.[trenger referanse]
Etter Tyskands gjenforening
Under den demokratiske revolusjonen i DDR i 1989 hørte Neubert til grunnleggerne av Demokratischer Aufbruch og utviklet det nye partiets program. Han ble også valgt til partiets nestleder og deltok i rundebordssamtalene.[trenger referanse]
Etter intern strid gikk han likevel ut av partiet i januar 1990 og meldte seg inn i De grønne i DDR. Han ble også medlem av Komitee Freies Baltikum.
Neubert ble medlem av CDU i 1996. I 1997 ble han ansatt som faglig leder i avdelingen for utdannelse og forskning hos den føderale kommissæren for Stasi-arkivene (Bundesbeauftragte für die Stasi-Unterlagen). Han har skrevet en rekke bøker om DDRs politiske historie, og spesielt om den demokratiske opposisjonen.[trenger referanse]
Fra 1998 til 2003 var han styremedlem i Stiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Fra 1996 engasjerte han seg for ofrene for SED-diktaturet gjennom foreningen Bürgerbüro Berlin e.V., Verein zur Aufarbeitung von Folgeschäden der SED-Diktatur. Han etterfulgte Bärbel Bohley som denne foreningens leder.
