Capalla ble født den 1. november 1934 i Leon i Iloilo-provinsen på Filippinene. Han begynte på Leon Central Elementary School i hjembyen, og fortsatte ved Colegio de San Agustin i Iloilo City. Han fortsatte ved St. Vincent Ferrer Seminary i Jaro i Iloilo City fra 1950 til 1961.
25. april 1977 ble han utnevnt til prelat av Iligan. Den 18. februar 1978, som en del av den romerske kuriens nye retningslinjer, ga han avkall på sitt titulære bispesete. Pave Johannes Paul II opphøyde det territorielle prelaturet til et bispedømme den 15. november 1982, noe som gjorde ham til den første biskopen av Iligan.
28. juni 1994 ble han utnevnt til koadjutor-erkebiskop av Davao. Med pensjoneringen av Antonio Lloren Mabutas den 6. november 1996, etterfulgte han ham på embetet som erkebiskop av Davao.
Fernando Capalla var president for Den katolske biskopskonferanse på Filippinene fra 2003 til 2005. Han var en av de første som offentliggjorde og fordømte drapene begått av Davao Death Squad (DDS) under byens borgermester Rodrigo Duterte. Borgervernsgruppen DDS sies[av hvem?] å ha drept over 1000 mennesker mellom 1998 og 2008. Den er blitt anklaget for summariske henrettelser av gatebarn og personer mistenkt for småforbrytelser og for narkotikasmugling.[5][6]
Capalla var en av grunnleggerne av Bishops-Ulama Conference, en tverrreligiøs organisasjon som søker forståelse mellom kristne og muslimer på Mindanao. Hans innsats i interreligiøs dialog ga ham flere priser, inkludert San Lorenzo Ruiz-prisen for fred og enhet i 1991, 1998 Ateneo de Manila University Public Service Award for Peace og 2000 Aurora Aragon Quezon Peace Award for Peace Advocacy and Peace Building. Ved CBCP ledet Capella også kommisjonene for interreligiøs dialog og økumeniske anliggender i mange år.
Den 12. februar 2012 innvilget pave Benedikt XVI hans aldersrelaterte anmodning om å gå av.
Erkebiskop Fernando Capalla døde den 6. januar 2024, i en alder av 89 år.[6]
