Fernando Sebastián Aguilar var medlem av claretianerne, en misjonskongregasjon, siden 1945, og ble ordinert til prest den 28. juni 1953. Etter først å ha vært professor i teologi ved seminarer innen egen orden, hadde han fra 1967 samme stilling ved Det pavelige universitet i Salamanca. I 1970 ble Sebastián Aguilar dekan ved dets teologiske fakultet, og så rektor ved universitetet fra 1971 til 1979.
Den 28. juli 1983 trakk han seg fra dette embedet. Han innehadde så oppgaven som generalsekretær for bispekonferansen til juni 1988. Senere var han visepresident for samme i tre valgperioder frem til februar 2005.
Koadjutor-erkebiskop av Granada
Han ble koadjutor-erkebiskop av Granada den 8. april 1988.
Erkebiskop av Pamplona y Tudela
Pave Johannes Paul II utnevnte ham til erkebiskop av Pamplona y Tudela den 26. mars 1993.
Fra 1993 til 1999 og igjen fra 2002 til 2005 var han visepresident for Den spanske bispekonferanse. Fra 2003 til 2004 var han under bispevakans også apostolisk administrator for Calahorra y La Calzada-Logroño.
Den 31. juli 2007 innvilget pave Benedikt XVI erkebiskop Aguilars aldersbetingede avskjedssøknad, [3] han var da over 77 år gammel.
Han tilbrakte sin pensjonisttilværelse i Málaga siden 2007, og der var han involvert i teologisk undervisning og ga retretter.[5]
I januar 2014 uttalte Aguilar at homoseksuelle mennesker kunne kureres og sammenlignet homofili med sykdommer som krever behandling, for eksempel mot høyt blodtrykk.[6] Påtalemyndigheten i Malaga startet en kriminell etterforskning av «oppfordring til hat basert på seksuell legning» etter at LHBT-foreningen Colegas sendte inn en klage mot Aguilar og bystyret i Malaga enstemmig distansert seg fra den 84-årige erkebiskopens uttalelse.[7]
.jpg)
