Han var juniorseminarist i Linz i årene 1856–65 og fortsatte på presteseminaret i byen fra 1865 til 1869.
Prest
Prestevielsen fulgte den 26. juli1868. Han arbeidet først på presteseminaret, men ble i 1876kooperator (hjelpeprest) i forstaden Steyr. Der utviklet han en særlig interesse for sjelesorgen blant industriarbeiderne. Her ble grunnlaget lagt for et sosialt engasjement han senere skulle videreutvikle som biskop.
Det var også her han ble interessert i å fremme den katolske presse. Han kom inn i redaksjonen for avisen «Steyrer Zeitung» (grunnlagt 1876), og ble samme år sendt til Roma der han studerte kirkerett og ble viserektor ved det østerrikske kolleg Santa Maria dell'Anima. Han tok to juridiske doktorgrader i Roma, og vendte deretter tilbake til Linz.
Biskop Franz Josef Rudiger ville helst ha Doppelbauer til sin etterfølger, men i stedet ble det en annen og Doppelbauer ble så raskt sendt tilbake til Roma der han var rektor ved Anima. Han rakk å grunnlegge en skole for tyskspråklige barn i Roma før han den 17. desember1888 ble nominert av keiseren til biskop av Linz etter biskop Ernest Maria Müllers tidlige død.
Biskop
Han ble bispeviet i kapellet i Santa Maria dell'Anima den 10. mars1889 av kardinal Serafino Vannutelli, og ble intronisert i den ennå ufullendede nye domkirken i Linz den 5. mai samme år.
Noe som opptok Doppelbauers interesse over all måte, var prestekall. Han grunnla to nye juniorseminarer og utvidet presteseminaret. Videre arbeidet han med å utvikle den katolske presse, særlig i lys av det press som ble utøvet mot den katolske tro fra borgerlig-progressivt liberalt hold.