Gert-Jan Theunisse (født 14. januar, 1963 i Oss) er en tidligere nederlandsklandeveissyklist. Theunisse ble profesjonell i 1984, men fikk sitt virkelige gjennombrudd først i 1988. I 1988 i Tour de France lå han an til fjerdeplass sammenlagt, men etter å ha testet positivt på testosteron, fikk han ti minutter tilleggstid, noe som gav han ellevteplass i sammendraget.[1] Året etter vant han klatretrøya, samt 17. etappe (L'Alpe d'Huez), i Tour de France. I 1990 testet han igjen positivt, denne gang under La Flèche Wallonne og Baskerland rundt.