Han var annen sønn av James Francis Edward Stuart (The Old Pretender, 1688–1766), en av sønnene av den engelske konge Jakob II, den siste Stuart-kongen i England, avsatt av «The Glorious Revolution». Både James Francis Edward Stuart og hans sønn (og bror til kardinal Henry Benedict Stuart) Charles Edward Stuart (The Young Pretender, Bonnie Prince Charles) prøvde forgjeves å vinne tilbake den engelske trone. Etter Charles Edward Stuarts død betraktet jakobittene Henry Benedict Stuart som rettmessig engelsk tronfølger.
Kort etter fødselen fikk han av sin far tittelen hertug av York.
I Frankrike
Han oppholdt seg i Frankrike under sin eldre brorr Karls invasjonsforsøk i Skottland 1745–1746 og førte nominelt befalet over de franske styrker i Dunkerque, som var avdelt til i tilfelle fremgang for Karl å samvirke med denne i England.
Kardinal
Etter at opprøret slo feil, vendte han tilbake til fødebyen Roma, og ble i juli 1747 av utnevnt av pave Benedikt XIV til kardinal i en alder av 22 år (han ble senere kalt kardinalen av York), presteviet i 1748, ble i 1761 biskop av Frascati og i 1767 Den hellige stols visekansler.
Stuart ble med tiden en av sin tids rikeste kirkefyrster ettersom han fikk flere innkomstbringende kirkelige embeder i Frankrike, Spania og Latinamerika.[trenger referanse] Ved farens død i 1766 klarte han imidlertid ikke å få pave Klemens XIII til å anerkjenne broren som legitim konge over Storbritannia. Da broren døde hevdet han sin arverett til tronen og kalte seg Henry IX.[trenger referanse]
I 1798 flyktet han fra de franske styrker sørover til Sicilia og 1799–1800 oppholdt han seg syk og fattig i Venezia. Han fikk da en årlig pensjon av sin slektning kong George III på 4 000 pund sterling. I 1800 vendte han tilbake til Roma og ble tre år senere, i 1803, valgt til kardinalkollegiets dekanus som den eldste i kardinalskollegiet og ble dermed også biskop av Ostia og Velletri.
På hans gravurne i Peterskirken står «Henricus IV» og pave Pius VII lot reise et monument over de tre siste Stuartene utført av skulptøren Antonio Canova.
