Jan Bojer Vindheim startet sin politiske karriere i Sosialistisk Gymnasiastlag i Oslo, og var med på å starte Sosialistisk Ungdomsforbund (SUF). Da maoistene tok over, valgte han anarkismen, som han i 1970-årene bidro til å gi en ny motkulturell form gjennom Føderasjonen av Anarkister og Frihetlige Sosialister (FAFS) og organer som Gateavisa og Folkebladet.
I 1980-åra var han en kort stund medlem i Venstre, før han fant veien til Miljøpartiet De Grønne i 1989, to år etter partiets oppstart i Norge. Vindheim har vært nasjonal talsperson for partiet i flere perioder, og gikk av som talsperson og landsstyremedlem på landsmøtet i Halden i mars 2004.
I 1991 ble han innvalgt som Miljøpartiet De Grønnes første bystyrerepresentant i Trondheim. I 2003 overtok Harald A. Nissen bystyreplassen for Miljøpartiet De Grønne. Ved kommunevalget i 2007 ble både Nissen og Vindheim innvalgt i Trondheim bystyre. I 2011 ble Vindheim gjenvalgt sammen med tidligere SV-politiker Hilde Opoku. Vindheim var i denne perioden leder for byutviklingskomiteen. I 2015 ble Vindheim valgt inn i Sør-Trøndelagfylkesting, der han var gruppeleder. I 2019 ble han valgt inn i fylkestinget i det sammenslåtte Trøndelag fylke.
Jan Bojer Vindheim var mellom 1972 og 1985 en av drivkreftene i Regnbuetrykk/Regnbueforlaget, og han redigerte tidsskriftet Vannbæreren og oversatte og utga en rekke bøker innenfor alternativretninger innen politikk, religion og samfunn. Blant disse var bøker av Stein Jarving, Ivan Illich, E.F. Schumacher, Monica Sjöö og Fritjof Capra.
Jan Bojer Vindheim er sønn av Ragnhild og Halvard Bojer, bror av Hilde Bojer,[2] og barnebarn av forfatteren Johan Bojer.[1]
I 1979 spilte Vindheim inn to av sine tekster med en gruppe musikere fra Oslo. Sangene ble gitt ut på eget selskap kalt «Brødskiver». Bandet fikk navnet «Geitost», og sangene var «Parklåt» og «Imorra Babylon».
I 1989 gikk Vindheim sammen med gruppa Israelvis og spilte inn sangen «Harru sett Mor Jord» som ble utgitt på en støttekassett for Miljøpartiet De Grønne.
Historiens hemmeligheter – myter, magi og mystikk fra Atlantis til Harry Potter (ny utgave av Vestens Mysterier) Kagge Forlag, 2005, ISBN 9788248905530
Inn i Hampen – historien om en mangfoldig urt, Futurum Forlag 2000, ISBN 82-90367-11-2
Inn i Hampen – historien om en mangfoldig urt, 2. utgave Kolofon Forlag 2023, ISBN 978 82 300 26519
