Han ble privatlærer hos grev Heinrich von Brühl i 1754, og reiste med ham på ny til Leipzig i 1758.
I 1759 grunnla Hiller det første tyske tidsskriftet, Der musikalische Zeitvertreib, og gav fra 1766 til 1770 ut Wöchentlichen Nachrichten, die Musik betreffend. I Leipzig drev han en konsertserie og fra 1771 en sangskole; kjente sangerinner som Corona Schröter og Elisabeth Mara fikk utdannelse der. Han drev også musikkselskapet Musikübende Gesellschaft, fra 1781 holdt de sine konserter i Gewandhaus i Leipzig, og Hiller var med det Gewandhausorchesters første kapellmester.
Hiller organiserte oppføringer av HändelsoratorierMessiah og Judas Maccabaeus, og foretok enkelte oppføringspraktiske endringer som var med å gi impulsen til en Händel-renessanse.
Fra 1789 til 1801 var Hiller Thomaskantor ved Thomasskolen, dessuten var han tidvis musikalsk leder ved Thomaskirche og organist ved Neukirche.
