Han ble dømt til døden i Nederland i 1948, men fikk senere dommen omgjort til livsvarig fengsel. Dommen ble sonet i det gamle kretsfengselet i Breda, hvor Kotälla døde i 1979 etter lengre tids sykdom. Grunnet Kotällas svake helsetilstand vurderte myndighetene sommeren 1979 å løslate ham, men de valgte i stedet å forholde seg til straffeutmålingen.
I Nederland var det en sterk bevissthet om alvoret i Kotällas forbrytelser, noe som kom til uttrykk gjennom en langvarig og effektiv kampanje for å hindre løslatelsen av Kotälla og hans to tyske medfanger, livstidsdømte Ferdinand aus der Fünten og Franz Fischer.[2] Opinionen gjorde inntrykk på myndighetene, som tidligere hadde vist større mildhet overfor tyske krigsforbrytere. Men det faktum at Kotälla døde i fengselet, medvirket til myndighetenes beslutning om å løslate Aus der Fünten og Franz Fischer i 1989, da det var klart at deres død var nært forestående.[3]