Han stakk av hjemmefra da han var 15 år gammel.[trenger referanse] I 1826 ble Carson med et vogntog mot vest langs Santa Fe Trail. Her tok han videre nord opp til Taos, og der arbeidet han som kokk.
I 1842 dro Carson til Missouri, hvor han møtte John C. Frémont på en floddamper på Missouri River. De følgende årene var han også guide til ekspedisjoner mot Oregon, California og en del av Rocky Mountains.
Navajorene forsøkte å dra fordel av at den regulære amerikanske armé var trukket tilbake fra territoriet og gikk til opprør for å vinne tilbake sine forne rettigheter og sin forne livsstil utenfor reservatenes trange grenser. Carson ble konstituert som oberst og sjef for et frivillig kavalleriregiment i 1861.[6] Hans oppdrag var å føre navajoene til Bosque Redondo-reservatet. Da navajoene nektet, begynte Carson en økonomisk krigføring, som gikk ut på å ødelegge deres buskap og deres avlinger. Hans styrker angrep også navajobyer og drepte mennesker som ikke rakk å flykte unna.[trenger referanse] Krigføringen tvang navajoene til å vende tilbake til reservatet. Han fikk dem til å gå fra Arizona til Fort Sumner i New Mexico. Denne lange vandreturen på 480 km er også kjent som «The Long Walk». I 1864 hadde omkring 8000 navajoer vendt tilbake, mens like mange fortsatt befant seg utenfor.[trenger referanse]
Brigadegeneral
For sin innsats ble Carson tildelt brigadegenerals «navn, heder og verdighet» i 1865.[7] Han var trolig den eneste høyere offiser i den amerikanske armé som ikke kunne lese eller skrive annet enn sitt eget navn.[8] I 1866 flyttet han til Colorado, der han fikk kommandoen over Fort Garland.