Daan Junior High School (1962–1965) Taipei Municipal Chien Kuo High School (1965–1968) Taiwans nasjonale universitet (1968–1972) (akademisk grad: bachelorgrad) New York University School of Law (1976–1977) (akademisk grad: LL.M.) Harvard Law School (–1981) (akademisk grad: doktor nauk i juss) Taipei Language Institute Affiliated Experimental Elementary School of University of Taipei (1956–1962)
Han ble født på Kwong Wah-sykehuset i Kowloon i den daværende britiske kronkolonien Hongkong. Han er dermed en såkalt waishengren. Han er hakkakineser, og nedstammer således fra krigsherrene Ma Yuan og Ma Chao fra Han-dynastiet og de tre rikers tid i provinsen Hunan. Ma Ying-jeou var eneste sønn i en søskenflokk på fem. Han er gift med sin søsters tidligere klassevenninne, Christine Chow, som han har to døtre med.
Etter å ha tatt mastergraden, var Ma ansatt i et advokatfirma på Wall Street i New York og som juridisk rådgiver for First National Bank of Boston (senere BankBoston) i Massachusetts. I en periode i 1981 var han forsker ved University of Maryland School of Law og advokat i Cole & Deitz LLP i New York, deretter viseadministrerende direktør ved president Chiang Ching-kuos kontor i Taipei 1981–1988 og assisterende generalsekretær i Kuomintang 1984–1988. Han hadde ulike roller i regjeringsapparatet før han ble justisminister i 1993 og konsultativ minister i 1996.
