I 1992 ble han utnevnt som politisk rådgiver i Fiskeridepartementet, en stilling han hadde frem til 1994, da han ble statssekretær i samme departement. I 1996 gikk han ut av regjeringsapparatet. I 2000 ble Gregussen utnevnt som fiskeriminister i Jens Stoltenbergsførste regjering. Han ble sittende til regjeringen gikk av etter stortingsvalget 2001.
Gregussen har også hatt flere ledende stillinger innen fiskeriorganisasjoner og innen næringslivet. Han har blant annet vært administrerende direktør i Norske Fiskeoppdretteres Forening og administrerende direktør i Norshell. Han har også vært regiondirektør i Trøndelag NHO.
