Stedet blir for første gang nevnt i det 4. århundre (Sanctus Ferreolum), utgravninger i området rundt kirken har imidlertid bragt funn for dage, som stammer fra gallo-romersk tid. Omkring 600 blir stedet betegnet som Ferrolas, fra 683 som Sanctus Ferreolus.
Før årtusenskifte besatt Heribert, biskop av Auxerre og Hugo Capets halvbror, et befestet jakthus i området. Senere kom stedet i huset Toucys besittelse, som dermed også ble herrer av Puisaye. I 1250 giftet greven av Bar seg med arvingen av Toucy. Jacques Cœur kjøpte Saint-Fargeau i 1450, stedet ble imidlertid ekspropriert til fordel for dommeren Antoine de Chabannes. Denne lot borgen og byen ombygge inntil hans død i 1488, noe som førte til politiske og juridiske kontroverser med Jacques Cœurs arvinger. I 1515 giftet Antoines arving seg med René d’Anjou og Saint-Fargeau kom i Valois-Anjou-linjen av den kongelige families besittelse. Anne Marie Louise de Bourbon-Orléans, duchesse de Montpensier, La Grande Mademoiselle, kong Ludvig XIVs kusine, ble i 1652 forvist hit; det var hun som lot de store arbeidene på Château de Saint-Fargeau utføre av Louis Le Vau.
Etter Grande Mademoiselles død gikk eiendommen etter flere kjøp over til familien Le Peletier, fremfor alt til revolusjonspolitikeren Louis Michel Le Peletier. Dennes arvinger lot en ny fløy bygge, før slottet ved arv overgikk i familien Ormessons besittelse, som imidlertid i sin tur så seg tvunget til å selge. Jean d’Ormesson skrev her sin roman Au plaisir de Dieu).
Befolkningsutvikling
1962 : 1619
1968 : 1681
1975 : 3293
1982 : 1912
1990 : 1884
1999 : 1814
2004 : 1693
Severdigheter
Château de Saint-Fargeau, 10. århundre, nybygget i 15. og 17. århundrer, med familien Le Peletiers grav
.svg)
