Allern ble valgt til formann i Sosialistisk Folkepartis ungdomsorganisasjon, Sosialistisk Ungdomsforbund (SUF), i 1967. Senere ble han første formann i AKP(m-l) i 1973. Han var partiets leder fra 1973 til 1975 og var også leder av Rød Valgallianse som på den tiden fungerte som AKP(m-l)s valgfront. I 1975 ble han avløst som AKPs partiformann av Pål Steigan som sto for en mer radikal linje. Han var ansvarlig redaktør i avisen Klassekampen i 1969–1972 og 1979–1995. I 1991 fjernet Allern bilde av de "fem store" - Marx, Engels, Lenin, Stalin og Mao - fra avisens lederspalte. Han fremsto som strategen for at Klassekampen fra 1991 ikke lenger var et organ for AKP, men en selvstendig avis med egen formålsparagraf.[6]
I 1972 ble Allern arrestert for å ha publisert et brev fra Utenriksdepartementet til den sørvietnamesiske legasjonen i Oslo. Allern ble beskyldt for å ha stjålet brevet og satt en dag i varetekt. Saken ble henlagt.[7]
På grunn av sin tilknytning til AKP(m-l), var Allerns kandidatur til professorstillingen omstridt. Norges største avis, VG, tok på lederplass avstand fra Allern som professor. Flere[hvem?] mente at det var en fornærmelse mot ytringsfriheten å ansette en mann som i flere tiår hadde kjempet for at landet skulle bli et kommunistisk diktatur.[trenger referanse]Steinar Hansson, tidligere sjefredaktør i Dagsavisen, mente at det var like latterlig at Allern ble professor i journalistikk, som at Mullah Omar skulle bli designer ved et motehus i Paris.[8]
Allern engasjerte seg kraftig under og etter den såkalte Valla-saken i 2007. Han hevdet at dekningen i papiravisene, særlig VG og Dagens Næringsliv, var ensidig og dominert av Vallas kritikere og at avisene hadde politiske motiver for sin dekning.[9]VGs nyhetsredaktør Helje Solberg mente derimot at VGs kritiske journalistikk hadde avdekket en ukultur i LOs ledelse.[10] Allern og fire andre klaget VG inn for PFU uten å få medhold.
.jpg)
