Lobotka startet sin karriere hos FK AS Trenčín, hvor han fikk sin debut på øverste nivå hjemme mot FK Dukla Banská Bystrica den 4. mars 2012 (2–2).[4] I den påfølgende sesongen ble han lånt ut til Jong Ajax, som også hadde opsjon på kjøp. Hans første kamp for Ajax kom den 13. juli 2013 i en oppkjøringskamp mot RKC Waalwijk, hvor han kom inn som innbytter for Christian Eriksen midtveis i andre omgang.[5] Ajax valgte å ikke benytte seg av opsjon på kjøp, så Lobotka returnerte deretter hjem til AS Trenčín ved sesongslutt.
I sin andre periode hos AS Trenčín debuterte han i Europaligaen og vant både hjemlig serie og nasjonalt cupmesterskap med klubben. I august 2015 meldte han overgang til den danske klubben FC Nordsjælland, hvor han skrev under på en kontrakt med varighet på fire år.[6] Han debuterte for Nordsjælland i serien mot Brøndby IF den 30. august og etablerte seg raskt på midtbanen hvor han spilte fast i de påfølgende sesongene. For sitt oppofrende spill ble han tildelt årets spiller i Nordsjælland både i debutsesongen og den påfølgende 2017-sesongen.[7][8]
Lobotka debuterte for Slovakia i en vennskapskamp mot Østerrike den 15. november 2016 (0–0). Hans gjennombrudd på landslaget kom i en VM-kvalifiseringskamp hjemme mot Slovenia den 1. september 2017, hvor han spilte hele kampen og bidro til 1–0-seier.[10] Tre dager senere scoret han sitt første landslagsmål mot England på Wembley Stadium i samme kvalifisering (2–1).[11] Hans andre landslagsmål kom i den påfølgende måneden i en vennskapskamp hjemme mot Norge den 14. november 2017 (1–0).[12]
