I 1821 ble Brisbane utnevnt som guvernør av New South Wales, en post han holdt frem til 1825. Gjennom sin tid som guvernør måtte han løse flere problemer knyttet til den raske veksten av kolonien. Han jobbet med valutareform og landreform. Han etablerte den første jordbruksskolen i New South Wales og eksperimenterte med dyrkning av tobakk, bomull, kaffe og newzealandsk lin.
I 1823 sendte han John Oxley for å finne et egnet sted for straffangekoloni for straffanger som begikk ytterlige lovbrudd. Oxley fant et egnet sted ved en større elv som rant ut i Moreton Bay. Et år senere ankom de første straffangene. Brisbane selv besøkte bosetningen i 1826. Oxley foreslo at både elven og bosetningen kunne kalles opp etter Brisbane.
I tiden som guvernør opplevde Brisbane flere større samarbeidsproblemer med resten av koloniadministrasjonen. Dette gjorde at han ble avsatt i 1825.
Tiden etter guvernørskapet
Brisbane forlot Sydney i desember 1825 og dro hjem til Skottland der han slo seg ned og tok stor interesse i vitenskap, hans eiendom og regimentet. Han ble valgt til president av Royal Society of Edinburgh i 1832 og i 1836 ble han adlet som baronett. Samme år ble han tilbudt jobben som øverstkommanderende for styrkene i Canada og to år senere ble han tilbudt samme stillingen i India, han avslo begge.
Referanser
^abThe Peerage, The Peerage person ID p67605.htm#i676045, oppført som General Sir Thomas Makdougall-Brisbane, 1st Bt.[Hentet fra Wikidata]