Jönsson startet karrieren i GIF Nike, før han som 16-åring ble hentet til Malmö FF, hvor han spilte i seks år. I 1998 gikk han til Halmstads BK, hvor han ble resten av karrieren. Fra 2003 var han lagkaptein, fram til han i 2010 ble avløst av Johnny Lundberg.