Jørgensen arbeidet i 15 år som misjonsprest i Japan for Det Norske Misjonsselskap; og var deretter generalsekretær i samme organisasjon fra 1991 til 1999.
Jørgensen var domprost i Bodø Domkirke fra 2000 til 2007 og vikarierte da i flere perioder som fungerende biskop. I 2000 endret Jørgensen syn om homofiles stilling i kirken og har siden vært blant de mest liberale i dette synet.
Han ble utnevnt til biskop 17. november 2006 og ble vigslet til ny biskop etter Øystein I. Larsen den 28. januar 2007. En knapp uke før han skulle vigsles til biskop gav han overfor Aftenposten tilkjenne at han gikk inn for at det innføres et eget ritual i kirken for homofile par som inngår partnerskap.
Biskop Tor Berger Jørgensen presteviet den 8. januar 2009 en samboende til prest. Ordinasjonen var historisk i og med at aldri tidligere har en prest som har levd åpent som samboer blitt ordinert til prest i Den norske kirke. Dette var også i strid med Kirkens egne regler. I 1995 hadde biskopene i Den norske kirke slått fast at en samboer ikke kan ordineres. Med dette kom biskopen på kollisjonskurs med andre toppledere i Den norske kirke. Både preses i bispekollegiet, biskop Olav Skjevesland, og leder Nils-Tore Andersen i Kirkerådet tok avstand fra biskop Jørgensens tilsidsesettelse av dette.[1]
Tor Berger Jørgensen var tidligere styreleder i foreningen Nei til Frontkollisjoner.
Verker
Jørgensen har utgitt Fra Luther til Marx (1971) og Glede i grått (1984), og har skrevet Japan-delen i Det Norske Misjonsselskaps jubileumshistorie (1992).
