Han startet sin trenergjerning i Lyn, da som keepertrener, i 1990. Hans gjennombrudd var trenerjobbene i Estland og Brann, hvor han var assistent for Teitur Thordarson.
Thodesen er best kjent for sin vellykkede periode som hovedtrener i Sandefjord, da laget i 2005 rykket opp fra 1. divisjon til Tippeligaen, for så å gjøre en god sesong det påfølgende året.
Trenerkarriere
Thodesen har tidligere vært hovedtrener i Norheimsund, og assistent under Teitur Thordarson i Brann og Flora. Jobben som hovedtrener i Norheimsund, som han trente opp i 2. divisjon, og ned igjen året etter, var det eneste engasjementet han hadde hatt som hovedtrener før han kom til Sandefjord.
Han førte Sandefjord til klubbens første opprykk til høyeste nivå. Med 19 seiere, 5 uavgjort og 6 tap ble det andreplass i 1. divisjon, fem poeng bak Stabæk i 2005. Opprykket ble sikret på bekostning av Moss, klubben han fem år senere skulle bli hovedtrener for. Dette skjedde etter en kamp som endte med seier 4-3 til Thodesens menn. 2006-sesongen endte med 9.-plass i Eliteserien, samt cupfinale (tap 0-3 mot Fredrikstad) i 2006. Han ble kåret til årets trener av Norsk Fotballtrenerforening i 2006.[2]
Sandefjord rykket ned fra Eliteserien i 2007-sesongen, og etter en katastrofal start i 2008 ble Thodesen avskjediget og erstattet av irenPatrick Walker. Etter Sandefjord-epoken var han trener og sportslig leder i Tønsberg i 2. divisjon. Her overtok han et lag som etter tre mislykkede forsøk på å komme tilbake til 1. divisjon måtte halvere budsjettet og satse lokalt. Begge sesongene (2009-10) gav 3.-plasser. I 2010 kom laget til 4. runde i NM etter å ha slått ut eliteserielagene Vålerenga og Stabæk, før cupfinalisten Follo ble for sterke. Den 16. november 2010 ble det klart at Thodesen hadde signert en treårskontrakt med Moss, som binder ham til klubben til etter 2013-sesong. Etter to år i klubben, og to påfølgende 10.-plasseringer i andredivisjon ba Thodesen om å bli løst fra kontrakten, etter 2 år med store økonomiske problemer.
Den 10. desember 2012 ble Thodesen presentert som ny hovedtrener i Tønsberg. Han fikk dermed i oppgave å gjenreise hjembyens fotballsatsing etter to magre år og store økonomiske utfordringer. Kun to måneder etter at han han signerte for Tønsberg, fikk han tilbudet om å reise til De forente arabiske emirater for å være assistenttrener for Baniyas SC. Han takket ja til jobben, og forlot Tønsberg.
Utdanning og erfaring
Thodesen er cand.mag. idrett fra Norges idrettshøgskole, og har diplomtrener-sertifisering fra Olympiatoppen. I tillegg har han gjennomført UEFAs Pro-lisens trenerkurs gjennom NFF, som gir han den høyeste UEFA-sertifiseringen en trener kan oppnå.
I tillegg til, og grunnet hans utdannelse har han fått en rekke verv utenom jobben som hovedtrener. Fra 1996–1998 var han sportssjef ved fotballinja ved Norges Toppidrettsgymnas, hvor han jobbet direkte inn mot talentutvikling. I tillegg har Thodesen hatt en stilling som ekspertkommentator hos NRK fra 2008–2009, hvor han dekket kamper fra både Adeccoligaen og Tippeligaen.
Ved siden av jobben som hovedtrener hadde Thodesen også stillingen som sportslig leder i hans periode i Sandefjord (2006–2007), samt i hans periode i vestfoldklubben Tønsberg (2009–2010).
