I 1564 ble eiendommen ervervet av brorsønner av kardinal Giovanni Ricci av Montepulciano. På denne tid hadde villaen i lang tid vært brukt til vindyrking. Dens eneste bolighuset var Casina, tilhørende kardinal Marcello Crescenzi. Florentineren Nanni Lippi gjorde under sitt overoppsyn forbedringer på villaen. Lippi døde imidlertid før arbeidet hadde kommet særskilt langt.
Eiendommen havnet senere, i år 1576, i Ferdinand de' Medicis hender. Villaen ble dermed familien Medicis første eiendom i Roma. Hensikten med denne var å hevde familiens dominans blant de italienske fyrstehusene og påvise deres stadige nærvær i Roma.[trenger referanse] Ferdinand lot ferdigstille villaen etter Bartolomeo Ammanatis tegninger.
I et og et halvt århundre var så villaen benyttet av storhertugen av Toscanas ambassadør ved pavestolen, innen familien Medicis mannlige linje døde ut i år 1737. Etter det havnet villaen i hendene på huset Lothringen, men i Napoleon Bonapartes tid ble det oversatt av franskmennene. Det var Napoleon som skjenkte villaen til Det franske akademi i Roma, som har husert der siden da.
