Werner Fabricius var sønn av organisten i Itzehoe, Albert Fabricius. Kort etter at gutten ble født, fikk faren en stilling i Flensburg, der Werner vokste opp og gikk på skole. Allerede i ung alder spilte han så godt at han fikk spille for kong Kristian IV.
Thomas Selle formidlet kontakt slik at Fabricius fikk begynne på det prestisjefylte Gelehrtenschule des Johanneums i Hamburg, der han fikk undervisning av Selle og Heinrich Scheidemann. Senere studerte Fabricius rettslære i Leipzig og ble advokat, men var også organist ved Nikolaikirche og musikkdirektør ved Paulinerkirche. Han var den første musikkdirektøren ved Universitetet i Leipzig,[6] og ble værende i byen til sin død.
Fabricius ble kjent i vide kretser som organist og orgelekspert. I 1675 gav han ut en håndbok for orgelbyggere, Unterricht, wie man ein Orgelwerk, obs gut und beständig sey, nach allen Stücken, in- und auswendig examinieren, und so viel möglich probieren soll. Et opprykk kom ut i Frankfurt og Leipzig i 1756.
Under tittelen Deliciae harmonicae, oder Musikalische Gemüths Ergätzung … skapte han enkelte femstemmige suiter, dessuten skrev han kirkelig vokalmusikk og andre mindre verk. Teologen Johann Albert Fabricius var hans sønn.
