Charles Chaput urodził się w mieście Concordia, w amerykańskim stanie Kansas jako syn Josepha Chaput i Marian Helen z domu DeMarais. Jego ojciec był francuskimKanadyjczykiem, wywodzącym się według rodzinnej legendy od króla Ludwika IX. Matka była rdzenną Amerykanką z plemieniaPotawatomi. Babka od strony matki, jako ostatni członek rodziny żyła w indiańskim rezerwacie, co spowodowało, że Charles od najmłodszych lat związany był z życiem plemiennym. Sam uczęszczał do szkoły Matki Boskiej Nieustającej Pomocy w Concordii, a później do szkoły wyższej św. Franciszka w Victorii.
Chaput został wyświęcony na kapłana przez biskupaCyryla Vogela 29 sierpnia 1970 roku. Rok później otrzymał tytuł magistra filozofii na Uniwersytecie w San Francisco. Od 1971 do 1974 roku był nauczycielem teologii i dyrektorem duchowym swojej macierzystej uczelni St. Fidelis Collage. Następnie, do roku 1977 posługiwał jako sekretarz wykonawczy i dyrektor do spraw komunikacji w prowincji Kapucynów w Pittsburgh. Został następnie proboszczem kościoła Świętego Krzyża w Thornton. Równocześnie był wikariuszem środkowoamerykańskiej prowincji kapucynów. W 1980 roku zostaje wybrany sekretarzem i skarbnikiem prowincji, a w 1983 jej dyrektorem naczelnym i ministrem. Był w grupie rdzennych Amerykanów, którzy powitali papieża Jana Pawła II, gdy ten przybył do Phoenix podczas swojej pielgrzymki do Stanów Zjednoczonych w 1987 roku.
11 kwietnia 1988 roku Chaput został mianowany biskupem Rapid City przez Jana Pawła II. Sakrę biskupią otrzymał 26 lipca następnego roku z rąk arcybiskupa Pio Laghiego, arcybiskupa Johna Roacha, a także arcybiskupa (późniejszego kardynała) Jamesa Stafforda – służącego jako współkonsekrator. Tym samym stał się drugim amerykańskim biskupem spośród rdzennych Amerykanów obok Donalda Pelotte’a(inne języki), pierwszym biskupem powołany jako biskup diecezjalny, a nie pomocniczy lub tytularny. Jego motto biskupie to: As Christ Loved the Church (Ef 5,25).
Arcybiskup Chaput wypowiada się regularnie na kontrowersyjne tematy, nierzadko stojąc w opozycji do stanowiska Konferencji Biskupów Katolickich Stanów Zjednoczonych. Krytykował pozytywną recenzję tamtejszego Episkopatu o filmie Złoty kompas[4]. Wezwał katolickich polityków, stojących w opozycji do niektórych nauk Kościoła, do dobrowolnego wstrzymania się od przyjmowania komunii. W wywiadzie dla „The New York Times” z 2004 roku, Chaput stwierdził, że katolicy głosujący na demokratę Johna Kerry’ego są współpracownikami zła i natychmiast powinni udać się do spowiedzi[5]. Dodatkowo w jego ocenie niektóre wypowiedzi dla NYT zostały przedstawiony przez pracowników gazety w złym świetle, co zaowocowały bojkotem wydawnictwa[6]. Był przez to postrzegany jako jeden z tych biskupów, próbujących wpłynąć na wyniki wyborów, a jego poglądy miały prowadzić do upolitycznienia teologii moralnej. Chaput skrytykował również Baracka Obamę mówiąc, że w demokracji należy wybrać urzędników, nie mesjasza. Twierdził, że Obama maskuje swój udział w rozprzestrzenianiu się aborcji, mówiąc o jedności, nadziei i zmianach[7]. Według niego, prezydent otrzymał uprawnienia do poprawy kryzysu gospodarczego, a nie do zmiany kultury amerykańskiej w kwestiach małżeństwa i rodziny, seksualności, bioetyki, religii w życiu publicznym czy aborcji[8]. W swej książce Render Unto Caesar: Serving the Nation by Living Our Catholic Beliefs in Political Life[9] Chaput zachęca obywateli katolickich do aktywnego podjęcia działań w życiu publicznym.