Karierę piłkarską Limberský rozpoczął w amatorskim klubie Tatran Třemošná. W 1990 podjął treningi w Viktorii Pilzno, a w 2002 roku awansował do kadry pierwszego zespołu. W tamtym roku zadebiutował też w pierwszej lidze czeskiej. W sezonie 2003/2004 Viktoria spadła do drugiej ligi, ale w międzyczasie Limberský był wypożyczony do włoskiegodrugoligowca, Modeny. Z kolei w 2005 roku trafił na wypożyczenie do Tottenhamu Hotspur, w którym nie rozegrał żadnego meczu. W 2006 roku wrócił do Viktorii i awansował z nią do pierwszej ligi.
Na początku 2007 roku Limberský odszedł z Viktorii do Sparty Praga. W nowym klubie po raz pierwszy wystąpił 11 sierpnia 2007 w zremisowanym 0:0 wyjazdowym meczu z Viktorią Pilzno. W Sparcie grał przez sezon i wywalczył z nią mistrzostwo Czech.
W 2008 roku Limberský wrócił ze Sparty Praga do Viktorii Pilzno. W 2010 roku zdobył z nią Puchar Czech.