Klub FK Charków został założony w roku 2005 na bazie klubu Arsenał Charków, który po sezonie 2004/05 awansował do Wyszczej Lihi, ale ustąpił miejsce w lidze nowo założonemu klubowi, któremu notarialnie przekazał prawo na piłkarzy i trenerów, a sam rozpoczął następny sezon w Druhiej Lidze.
FK Charków od sezonu 2005/06 występował w najwyższej klasie rozgrywkowej pod obecną nazwą. W sezonie 2008/09 zajął ostatnie 16. miejsce i spadł do Perszej Lihi.
W następnym sezonie również zajął spadkowe 17. miejsce, ale 23 czerwca 2010 przez problemy finansowe klubu i zobowiązania przed piłkarzami Ukraiński Związek Piłki Nożnej odebrał status klubu profesjonalnego[1] i FK Charków rozpoczął sezon 2010/2011 w rozgrywkach amatorskich.
