Urodził się 1 marca 1593 roku w Monachium, jako syn Ferdinanda z Bawarii i Marii Pettenbeckin[1]. Studiował filozofię, teologię i prawo kanoniczne w Collegio Germanico, a w 1622 roku wziął udział w sejmie Rzeszy w Ratyzbonie[1]. 27 stycznia 1627 roku został wybrany biskupemOsnabrücku[2]. Dwa lata później otrzymał upoważnienie do wprowadzenia w życie edyktu restytucyjnego w Dolnej Saksonii[1]. W 1630 roku został biskupem Verden, a w 1633 – Minden[2]. W tym samym roku diecezją Osnabrücku została opanowana przez Szwedów, a jej biskupem został Gustaw Wasaburg, nieślubny syn Gustawa II Adolfa[1]. 4 czerwca 1634 roku Wartenberg przyjął święcenia diakonatu, 29 listopada 1636 – prezbiteratu, a 8 grudnia – sakrę[2]. 15 grudnia 1642 roku został biskupem koadiutorem Ratyzbony[2]. Był reprezentantem katolickich elektorów podczas negocjowania pokoju westfalskiego[1]. W 1645 roku był wikariuszem apostolskim Bremy[1]. Trzy lata później zrezygnował z diecezji Minden i Verden, a w 1649 roku zsukcedował diecezją ratyzbońską[2]. 5 kwietnia 1660 roku został kreowany kardynałem prezbiterem, jednak nigdy nie pojechał do Rzymu i nie otrzymał kościoła tytularnego[1]. Zmarł 1 grudnia 1661 roku w Ratyzbonie[1].
