W 1659 rozgromił armię rosyjską w bitwie pod Konotopem. Przeciwko postanowieniom unii hadziackiej wybuchło jednak wkrótce (z inspiracji Rosji) powstanie kozackie tzw. czerni, czyli miejscowego chłopstwa ruskiego, które doprowadziło w 1659 do odebrania hetmaństwa Wyhowskiemu. Buławę po nim przejął Jerzy Chmielnicki. W 1660 został wojewodą kijowskim. Walczył pod Lubarem i pod Cudnowem.
W 1664, oskarżony o knowania z Rosją przez rywalizującego z nim o przywództwo Pawła Teterę[5], został rozstrzelany przez wojsko koronne. Według Janusza Tazbira odbyło się to bez śledztwa i sądu[5]. Innego zdania był Eustachy Iwanowski, który napisał: „Roku 1664 w Korsuniu został rozstrzelanym Wyhowski, wojewoda Kijowski, nie przez Czarnieckiego, jak sądzą błędnie, ale z wyroku sądu wojennego”[6].
Zdaniem Zbigniewa Wójcika Wyhowski skłaniał się „coraz wyraźniej ku Tatarom i Turkom, przy pomocy których spodziewał się uwolnić Ukrainę od Polaków i Rosjan”. Pułkownik Sebastian Machowski, wykonując rozkaz Jana II Kazimierza (7 stycznia 1664), aby „żadnego respektu nie mając i braku osób nie czyniąc, sądzili i dekret [wyrok] swój zaraz do egzekucji skutecznej przywodzili, to przed oczyma mając, że gdyby albo oziębłość jaka w tym była, albo zwłoka zbyteczna nastąpiła, pewnie by ta konjuracyja [sprzysiężenie] z tych ludzi domowa wnet, ile w tych tu krajach już nie pierwsza rebellia, sensim urosła” postąpił tak, że „wraz z Teterą zwabili Wyhowskiego do Korsunia. Tutaj obaj żandarmi Rzeczypospolitej zainscenizowali parodię sądu, w wyniku którego Iwan Wyhowski, jeden z twórców unii hadziackiej, człowiek, któremu Rzeczpospolita bardzo dużo zawdzięczała i na którym wiele w swoim czasie zbudować zamierzała, został przez oddział egzekucyjny polski rozstrzelany (16 III)”. Według Wójcika Machowski działał na podstawie królewskiego pełnomocnictwa[7].
↑W polskiej literaturze często spotykany jest jako Jan Wyhowski.
↑Krzysztof Chłapowski, Starostowie niegrodowi w Koronie 1565-1795 Materiały źródłowe, Warszawa, Bellerive-sur-Allier 2017, s. 221.
↑w tym roku uzyskał starostwo barskie jako darowiznę, Krzysztof Chłapowski, Starostowie niegrodowi w Koronie 1565-1795 Materiały źródłowe, Warszawa, Bellerive-sur-Allier 2017, s. 221.