Jérôme Rothen zawodową karierę rozpoczynał w 1997 roku w drugoligowymSM Caen. W pierwszym sezonie występów Francuz pełnił tam rolę rezerwowego, jednak grywał dosyć regularnie. W kolejnych rozgrywkach Rothen miał już zapewnione miejsce w podstawowej jedenastce. Był jedną z najważniejszych postaci w drużynie, która zajęła piątą lokatę w ligowej tabeli. W sezonie 1999/2000 Jérôme także znajdował się w grupie zawodników, którzy stanowili o sile Caen. Rozegrał 38 meczów w Ligue 2, jednak nie pomógł swojemu zespołowi w wywalczeniu awansu do pierwszej ligi. Łącznie w barwach Caen Rothen wystąpił w 98 pojedynkach drugiej ligi.
Latem 2000 roku podpisał kontrakt z Troyes AC, w którym zadebiutował w rozgrywkach Ligue 1, a także w Pucharze UEFA. W ekipie prowadzonej przez Alaina Perrina francuski zawodnik bez problemów wywalczył sobie miejsce w wyjściowym składzie. W linii pomocy występował między innymi u boku takich zawodników jak Szwajcar Fabio Celestini i Algierczyk Rafik Saïfi. W Troyes Jérôme grał jednak tylko przez półtora sezonu. W czasie pobytu na Stade de l’Aube rozegrał 46 spotkań, w których cztery razy wpisał się na listę strzelców.
W zimowym okienku transferowym sezonu 2001/2002 przeszedł do broniącego się przed spadkiem do drugiej ligi AS Monaco. Zespół z Księstwa zdołał utrzymać się w najwyższej klasie rozgrywek w kraju, a w kolejnych sezonach radził już sobie znacznie lepiej. W rozgrywkach 2002/2003 wywalczył wicemistrzostwo Francji oraz zdobył Puchar Ligi Francuskiej, a w sezonie 2003/2004 zajął w ligowej tabeli trzecie miejsce. Rothen w trakcie pobytu w Monako grał w pomocy z takimi piłkarzami jak Ludovic Giuly, Lucas Bernardi, Andreas Zikos i Jaroslav Plašil. Zagrał w finale Ligi Mistrzów, gdzie AS Monaco przegrało z FC Porto (pierwsze trofeum Jose Mourinho).
Łącznie wystąpił w 46 meczach Ligue 1, po czym przeniósł się do Paris Saint-Germain. W rozgrywkach 2004/2005 na boisku pojawił się osiemnaście razy, jednak w kolejnym sezonie rozegrał już 28 spotkań. Stworzył wówczas linię pomocy razem z Vikashem Dhorasoo, Modeste M’Bamim oraz Bonaventure Kalou. PSG zajęło dziewiąte miejsce w lidze, ale dzięki zwycięstwu w Pucharze Francji zakwalifikowało się do eliminacji Pucharu UEFA. Francuski zespół w 1/8 finału tych rozgrywek został jednak wyeliminowany przez Benfikę Lizbona. Paris Saint-Germain zmagania Ligue 1 zakończyło dopiero na piętnastym miejscu mając tylko dziewięć punktów przewagi nad strefą spadkową. Jérôme rozegrał 27 meczów, w których strzelił dwie bramki.
1 września 2009 roku, w ostatnim dniu letniego okienka transferowego Rothen trafił do zespołu aktualnego mistrza Szkocji – Rangers F.C. na zasadzie wypożyczenia. Umowa z klubem z Ibrox Park będzie obowiązywać przez rok. Zadebiutował 12 września podczas meczu z Motherwell. Do 2010 rozegrał w Rangers jeszcze trzy mecze. Następnie trafił do Ankaragücü[1]. W latach 2011–2013 grał w SC Bastia, a karierę kończył w 2014 roku w Caen.
W reprezentacji Francji Rothen zadebiutował 29 marca 2003 roku w wygranym 6:0 spotkaniu przeciwko Malcie. W tym samym roku wraz z drużyną narodową wywalczył Puchar Konfederacji pokonując w finale po dogrywce Kamerun 1:0. W 2004 roku Jacques Santini powołał go na Mistrzostwa Europy. Na imprezie tej Francuzi dotarli do ćwierćfinału, gdzie przegrali 0:1 z późniejszymi triumfatorami turnieju – Grekami.
W 2006 roku Jérôme ani razu nie został powołany do drużyny narodowej, nie pojechał także na mistrzostwa świata, na których "Trójkolorowi" zdobyli srebrny medal przegrywając w meczu finałowych z Włochami po rzutach karnych. Rothen powrócił do kadry Francuzów na mecze eliminacji do Euro 2008. 10 października 2007 roku w wygranym 6:0 pojedynku z Wyspami Owczymi Francuz strzałem z rzutu wolnego zdobył swoją pierwszą bramkę w drużynie narodowej.
