W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku był oficerem operacyjnym w sztabie 17 Dywizji Piechoty. Od 22 do 30 września był pomocnikiem oficera operacyjnego w sztabie 25 Dywizji Piechoty. Walczył w bitwie nad Bzurą oraz w obronie Warszawy[2]. Za udział w tych walkach otrzymał Krzyż Walecznych. Od 30 września do 5 października ukrywał się w Szpitalu PCK przy ulicy Piusa XI 24, a następnie wyjechał do Wielkopolski. 2 stycznia 1940 roku przez Prehybę przekroczył granicę polsko-słowacką w towarzystwie braci: Jana i Włodzimierza oraz kapitana lekarza Antoniego Hetmana i porucznika Bochenka z 44 pułku piechoty. Tego samego dnia przejechali taksówką przez Słowację i w Koszycach przekroczyli granicę z Węgrami. 22 stycznia 1940 roku w Madene przekroczył granicę francuską[3].
Po konspiracyjnym przeszkoleniu w dywersji został zaprzysiężony 6 lutego 1942 roku w Oddziale VI Sztabu Naczelnego Wodza. Zrzutu dokonano w nocy z 3 na 4 września 1942 roku w ramach operacji „Rheumatism” dowodzonej przez kpt. naw. Stanisława Króla. Dostał przydział do Obszaru Lwowskiego AK, gdzie służył od października 1942 roku do około 10 stycznia 1943 roku, kiedy dostał nominację na szefa sztabu Oddziału III Operacyjnego Okręgu Lwów AK. Od 15 marca 1943 roku był szefem sztabu Okręgu Lwów i przejściowo szefem Oddziału III sztabu. Od 25 marca 1944 roku pełnił funkcję II zastępcy komendanta Okręgu. Brał bezpośredni udział w walkach, m.in. 30 sierpnia 1943 roku był ranny w potyczce z Niemcami w czasie lustracji terenu pod Lubieniem Wielkim, 30 listopada brał udział w akcji Kedywu w Kamionce Strumiłowej.
Około 15 kwietnia 1944 roku koło Janowa w wyniku zdrady został ranny w nogę i ujęty przez Gestapo. Został przewieziony do więzienia we Lwowie. 24 czerwca 1944 roku wyniesiono go na noszach z celi i rozstrzelano. Pochowany na cmentarzu Powązki Wojskowe w Warszawie (kwatera A25-8-6/7)[4].
Major Lech był żonaty z Ireną Poniatowską, z którą miał syna Zbigniewa[a] (ur. 1940 rok).
W lewej nawie kościoła św. Jacka przy ul. Freta w Warszawie odsłonięto w 1980 roku tablicę Pamięci żołnierzy Armii Krajowej, cichociemnych – spadochroniarzy z Anglii i Włoch, poległych za niepodległość Polski. Wśród wymienionych 110 poległych cichociemnych jest Jan Lech.
Krzysztof A. Tochman: Słownik biograficzny cichociemnych. T. 2. Rzeszów: Wydawnictwo „Abres”, 1996, s. 96–97. ISBN 83-902499-5-2.
Krzysztof A. Tochman, Kajetan Bieniecki. Biogram cichociemnego Okręgu AK Lwów Jana Kazimierza Lecha. „Wewnętrzny Biuletyn Informacyjny Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej – Środowisko Żołnierzy Armii Krajowej Obszaru Lwowskiego im. „Orląt Lwowskich” w Krakowie”. 14, s. 26–27, wrzesień 2013. Kraków.