Po powrocie do kraju szybko uzyskiwał kolejne beneficja kościelne. Był archidiakonemlubelskim, kanonikiem krakowskim, prepozytem sandomierskim, opatem komendatoryjnym mogilskim (od 1613). Jako opat odnowił i rozbudował świątynię w Mogile. Od 1614 archidiakon warszawski.
Był sekretarzem królaZygmunta III Wazy, specjalizującym się zwłaszcza w sprawach włoskich.
W 1619 nominowany przez monarchę biskupem przemyskim, prowizję papieską otrzymał 17 lutego 1620. Sakrę przyjął z rąk prymasa Wawrzyńca Gembickiego. Odbył w biskupstwie przemyskim synod diecezjalny w 1621, zarządził przeprowadzenie wizytacji kanonicznej, często uczestniczył w posiedzeniach kapituł. Odzyskał także na terenie diecezji kilka świątyń z rąk innowierców.
13 maja 1624 został przeniesiony na biskupstwo poznańskie. Rządy objął w niej 1 lipca 1624 i sprawował do maja 1627.
22 marca 1627 został arcybiskupem gnieźnieńskim i prymasem Polski. Diecezją rządził gorliwie, rezydując w Łowiczu kontaktował się z kapitułą i konsystorzem za pomocą licznych listów. Jako metropolita zwołał dwa synody prowincjonalne. Na synodzie w 1628 uchwalono kontrybucję na cele wojenne oraz rozpatrywano kwestii kościelnych. Uchwały synodu w 22 statutach poruszają szereg spraw związanych z katechizacją wiernych, przygotowaniem do święceń kapłańskich, urzędów biskupich, zakonu oraz reprezentacji duchowieństwa w Trybunale Koronnym. Były one ważną kodyfikacją partykularnego prawa kanonicznego, zostały ogłoszone drukiem pod tytułem Synodus provincialis Gnesnensis A.D. 1628 die 22 mai celebrata (wydane 1630 i 1761), znane jako "Zbiór prymasa Wężyka". Drugi synod prowincjonalny zwołał do Warszawy w 1634.
6 lutego 1633 koronował na króla Polski Władysława IV, a 13 września 1637 jego żonę Cecylię Renatę.
Zmarł 27 maja 1638 w Łowiczu po kilkumiesięcznej chorobie. Pochowany w kolegiacie łowickiej.
Przypisy
↑Piotr Nitecki, Biskupi Kościoła w Polsce w latach 965-1999. Słownik biograficzny, Warszawa 2000, s. 475.
↑Wojciech Krawczuk, Pisarze kancelarii koronnych Zygmunta III Wazy, w: Studia Historyczne, 1993, r. XXXVI, z. 2, s. 162.
↑Danuta Quirini-Popławska, Nieznana Matriculazione Universita Legista Polona Uniwersytetu Padewskiego z lat 1591-1598, w: Studia Środkowoeuropejskie i Bałkanistyczne » 2017 » Tom XXV, s. 20.
↑Suffragia Woiewodztw y Ziem Koronnych, y W. X. Litewskiego, Zgodnie ná Naiásnieyssego Władisława Zygmunta ... roku 1632 ... Woiewodztwo Krákowskie., s. A2.
↑Porządek Na Seymie Walnym Elekcyey, miedzy Warszawą a Wolą, Przez opisane Artykuły, do samego tylko Aktu Elekcyey należące, vchwalony y postanowiony. Roku Pańskiego, M. DC. XXXII. Dnia 27. Września, s. 16.