Był synem Brunona Waltera i Zofii z d. Lange. W Kaliszu ukończył Gimnazjum im. Adama Asnyka. Po studiach w Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w latach 1952-1957, studiował jeszcze na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego i odbył uzupełniające studia teologii w Lozannie. 13 lipca 1958 został w Kaliszu ordynowany na duchownego Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Do 1962 był wikariuszemparafii w Łodzi. W latach 1962–1980 był proboszczem w Poznaniu, gdzie przyczynił się do znacznego ożywienia pracy kościelnej, mimo trudnych warunków lokalowych. Na potrzeby parafii udało się odzyskać jeden z lokali mieszkalnych w domu Polskiego Towarzystwa Ewangelickiego przy ul. Kossaka 9, przeprowadzono też modernizację wnętrza kaplicy. Obsługiwał zbory filialne w Chodzieży, Gnieźnie, Lesznie i Trzciance, odprawiał nabożeństwa domowe. Kontynuowana była działalność Polskiego Towarzystwa Ewangelickiego, jako jedynej tego typu organizacji ocalałej w Polsce w czasach PRL-u, prowadzona była praca młodzieżowa. Rozwijały się kontakty ekumeniczne, zarówno krajowe (tak w ramach Oddziału Wojewódzkiego Polskiej Rady Ekumenicznej, którego przewodniczącym ks. Walter pozostawał w latach 1963-1975, jak i m.in. ze środowiskiem "Więzi", oraz nawiązano kontakty międzynarodowe, szczególnie z ewangelikami z ówczesnej NRD. Od 1974 był członkiem Synodu Kościoła, gdzie działał w Komisji Ewangelizacyjno-Misyjnej, Komisji Pastoralnej i Komisji ds. Diakonii. W latach 1971–1974 wchodził w skład zarządu Ekumenicznej Rady Młodzieży w Europie.
W 1979 został wybrany, a 18 maja 1980 wprowadzony w urząd I proboszcza parafii Św. Trójcy w stolicy i seniora diecezji warszawskiej. Należał do inicjatorów rozbudowy parafialnego Domu Opieki "Tabita" w Konstancinie-Jeziornie.
Życie prywatne
Od 29 czerwca 1963 był żonaty z Ewą z d. Hoffmann (1938-2006) z Bydgoszczy, absolwentką matematyki na UMK w Toruniu, pracującą w szkolnictwie, która wspierała małżonka na wszelkich polach działalności. Od 1993 Ewa Walter była przewodniczącą Komitetu Światowego Dnia Modlitwy, a od 2002 również przewodniczącą Sekcji Kobiet Polskiej Rady Ekumenicznej.
Jubileusz Parafii Ewangelicko-Augsburskiej Świętej Trójcy w Warszawie. 1581 - 1781 - 1981, oprac. Stanisław Adamski [i in.], Warszawa, Wydaw. Kościoła Metodystycznego w PRL, [1985]
Włodzimierz Nast, Gdzie Ja jestem, tam i sługa mój będzie... Ks. senior Jan Walter 1934-1995, "Kalendarz Ewangelicki", ISSN0239-3476, R. 110, 1996
JerzyJ.DomasłowskiJerzyJ., Kościół Ewangelicko-Augsburski w Poznaniu i w Zachodniej Wielkopolsce w latach 1919-2005, Poznań: Parafia Ewangelicko-Augsburska w Poznaniu, 2005, ISBN 83-922889-0-4, OCLC69480325. Brak numerów stron w książce