Alaphilippe dołączył do drużyny Omega Pharma-Quick Step w 2014. W marcu tego roku stanął po raz pierwszy w karierze na podium wyścigu kategorii UCI World Tour, zajmując 3. miejsce na 1. etapie Volta a Catalunya. W sierpniu zajął 4. miejsce w klasyfikacji generalnej Tour de l’Ain, równocześnie wygrywając klasyfikacje: punktową i młodzieżową. Z dobrej strony pokazał się jeszcze zajmując wysoką 5. pozycję w jednodniowym wyścigu GP Ouest-France.
W sezonie 2015 błyszczał w wiosennych klasykach: najpierw w Amstel Gold Race, gdzie wspierał lidera drużyny mistrza świata Michała Kwiatkowskiego (który zresztą wygrał ten wyścig), a mimo to zajął dobre 7. miejsce; potem w rozgrywanych kilka dni później La Flèche Wallonne i Liège-Bastogne-Liège – w obu tych wyścigach finiszował drugi, ulegając tylko starszemu, bardziej doświadczonemu i utytułowanemu Alejandro Valverde.
Podczas Tour de France 2019 Alaphilippe zaskoczył wszystkich - po zwycięstwie na etapie 3 do Epernay zdobył żółtą koszulkę lidera nosił ją przez 3 dni, do utraty jej na etapie na La Planche des Belles Filles. Jednak na ośmym etapie, odzyskał ją znowu, i niemal do końca Touru bronił pozycji lidera, utrzymując ją nawet na najcięższych etapach w Pirenejach i Alpach. Utracił maillot jaune dopiero na 19 etapie prowadzącym do Tignes (jednak z powodu lawiny na dole zjazdu z Col d'Iseran, etap został zatrzymany, a czas policzono na szczycie góry). Ostatecznie zajął piąte miejsce w wyścigu, wygrywając przy tym dwa etapy. Został także ogłoszony najbardziej aktywnym zawodnikiem tego Touru.