Studiował w seminarium w Mediolanie i na Wydziale Teologicznym w Venegono. Na studiach, gdzie jednym z jego kolegów był przyszły arcybiskup BoloniiEnrico Manfredini, założył grupę dyskusyjną i pismo "Studium Christi". Przyjął święcenia kapłańskie w 1945 i podjął pracę wykładowcy w seminarium w Venegono. Specjalizował się w teologii wschodniej i teologii protestanckiej w Ameryce. Na początku lat 50. poprosił przełożonych o zgodę na pracę poza seminarium i przeniósł się do nauczania w szkole średniej im. Giovanniego Berchet w Mediolanie (1955–1964).
Zwracał uwagę na problem wychowania. Został wykładowcą Katolickiego Uniwersytetu Najświętszego Serca w Mediolanie (kierował Katedrą Wstępu do Teologii) i zaangażował się w działalność studenckiego skrzydła Akcji Katolickiej – Gioventu Studentesca. Przyczynił się do rozwoju tej organizacji. Na polecenie arcybiskupa Mediolanu Giovanniego Colombo kontynuował studia teologiczne i przerwał na kilka lat kontakt ze środowiskiem młodzieżowym. W 1969 powrócił do działaczy dawnego Gioventu Studentesca, które w międzyczasie opuściło Akcję Katolicką pod wpływem serii protestów studenckich w Europie w maju 1968; ks. Giussani stanął na czele nowej organizacji – Comunione e Liberazione. Był przewodniczącym Rady Generalnej CL i doprowadził m.in. do uznania organizacji przez watykańską Papieską Radę ds. Świeckich. Zyskał wpływy nie tylko w Kościele, ale także w świecie politycznym i gospodarczym; w gronie zwolenników i działaczy CL byli m.in. przyszły kardynał Angelo Scola i znany polityk Rocco Buttiglione. W lutym 1987 ks. Giussani zabrał głos na konwencji Włoskiej Partii Chrześcijańskich Demokratów w Assago.
W 1983Jan Paweł II obdarzył go godnością papieskiego prałata honorowego; w 1995 został laureatem Międzynarodowej Nagrody Kultury Katolickiej. Pełnił funkcję konsultanta Kongregacji ds. Duchowieństwa oraz Papieskiej Rady ds. Świeckich.
Publikacje
Był autorem wielu publikacji, tłumaczonych na różne języki. Opracował dla włoskiej Encyklopedii Katolickiej hasło "wychowanie". Do najbardziej znanych jego prac należą:
Seria Per Corso (W Trakcie):
Zmysł Religijny (Il senso religioso, The Religious Sense) (1997)
Chrześcijaństwo Jako Wyzwanie, U Źródeł Chrześcijańskiego Roszczenia (All'origine della pretesa christiana , At the Origin of the Christian Claim) (1998)
Dlaczego Kościół (Perche la chiesa? , Why the Church?) (2000)