W czasie studiów prawniczych na Uniwersytecie w Coimbrze zaangażował się w działalność opozycyjną wobec dyktatury Antónia de Oliveiry Salazara. Został za to relegowany z uczelni, a następnie zesłany kolejno na Azory i do Angoli. Za udział w próbie przewrotu wojskowego był przez pewien czas więziony w Luandzie. W 1964 udał się na emigrację, w Algierze pracował w dysydenckiej rozgłośni radiowej Voz da Liberdade. Jego książki zostały w Portugalii zakazane i ukazywały się jedynie w drugim obiegu.
W 1974, tydzień po rewolucji goździków, powrócił do kraju. Wstąpił do Partii Socjalistycznej i z jej ramienia uzyskał w 1975 mandat deputowanego. Zasiadał następnie do 2009 w Zgromadzeniu Republiki I, II, III, IV, V, VI, VII, VIII, IX i X kadencji. Do 2002 wybierany z Coimbry, następnie zaś z Lizbony. Po wyborach w 2005 objął funkcję wiceprzewodniczącego parlamentu. W 2004 bez powodzenia ubiegał się o funkcję sekretarza generalnego Partii Socjalistycznej[1]. Powoływany również w skład Rady Państwa, organu doradczego prezydenta Portugalii.
We wrześniu 2005 ogłosił zamiar kandydowania w wyborach prezydenckich w 2006. Wystartował jako kandydat niezależny, ponieważ Partia Socjalistyczna oficjalnie wysunęła kandydaturę byłego prezydenta Mária Soaresa. W wyborach zajął 2. miejsce z poparciem 20,7% głosów, przegrywając z popieranym przez centroprawicę Aníbalem Cavaco Silvą, który zapewnił sobie wygraną już w pierwszej turze[2]. W wyborach prezydenckich w 2011 ponownie ubiegał się o funkcję prezydenta z poparciem Partii Socjalistycznej, Bloku Lewicy i Demokratycznej Partii Atlantyku. Dostał 19,7% głosów, zajmując ponownie 2. miejsce w pierwszej turze głosowania, w której urzędujący prezydent Aníbal Cavaco Silva zapewnił sobie reelekcję[2].
Manuel Alegre jest autorem utworów prozatorskich i poetyckich. Wiele z jego wierszy zyskało popularność jako pieśni, wykonywane m.in. przez Zeca Afonso i Adriana Correia de Oliveirę. W 2005 został uhonorowany pomnikiem w Coimbrze.
