Małecki rozpoczął swoją karierę w drużynie Wigier Suwałki, gdzie trafił jako sześciolatek, mimo że wówczas do drużyny juniorskiej przyjmowano od ósmego roku życia. Od samego początku występował jako napastnik, a dzięki swojej postawie kilkukrotnie był zapraszany na treningi pierwszego zespołu.
W wieku 13 lat przeniósł się do Wisły Kraków, gdzie ściągnął go ówczesny prezes klubu Bogdan Basałaj. Po transferze Małecki utrzymał formę, zdobywając w jednym ze spotkań 12 bramek[1].
Wisła Kraków
W lutym 2006 roku, za kadencji Dana Petrescu, Małecki został włączony do kadry pierwszej drużyny. W kwietniu wraz z reprezentacją Małopolski wziął udział w rozgrywanym w Rzymie turnieju o Puchar Karola Turnieju, po którym zainteresowanie jego osobą wyraziło włoskie S.S. Lazio[2]. W tym czasie Petrescu zdecydował się przekwalifikować Małeckiego na prawego pomocnika i właśnie na tej pozycji wystawił go podczas towarzyskiego spotkania ze szkockim Celtikiem.
10 września oficjalnie zadebiutował w barwach Wisły podczas ligowego spotkania z Pogonią Szczecin. 30 listopada rozegrał pierwsze spotkania w europejskich pucharach, gdy Wisła zmierzyła się ze szwajcarskim FC Basel w ramach fazy grupowej Pucharu UEFA. Podczas przerwy przed rundą wiosenną sezonu 2006/07, Małecki był, obok Tomasza Dawidowskiego, najlepszym strzelcem Wisły w okresie przygotowawczym[3]. Zadowolenia z postawy piłkarz nie krył nowy trenery Wisły, Adam Nawałka, który stwierdził, iż Małecki może być odkryciem rundy wiosennej[4]. 4 marca 2007 roku w swoim drugim spotkaniu w Ekstraklasie, w którym Wisła mierzyła się z Górnikiem Zabrze, Małecki zdobył swoją pierwszą bramkę w lidze. Za występ w tym meczu był chwalony przez Nawałkę oraz prezesa klubu Mariusza Helera[5]. Dzień później podczas treningu doznał złamania kości strzałkowej i do gry wrócił dopiero 13 maja[6].
Wypożyczenie do Zagłębia Sosnowiec
Kiedy trenerem Wisły Kraków został Maciej Skorża, Małecki został przesunięty na prawą stronę pomocy, jednak wskutek dużej konkurencji w drużynie nie miał on zbyt wielkich szans na grę. Z tego też powodu w lutym 2008 roku został na pół roku wypożyczony do Zagłębia Sosnowiec[7]. W nowych barwach zadebiutował 23 lutego podczas zremisowanego 0:0 meczu ligowego z Ruchem Chorzów, gdy w 73. minucie zmienił na boisku Marcina Folca[8]. Niespełna tydzień później w przegranym 0:1 spotkaniu z Polonią Bytom Małecki po raz pierwszy wyszedł w podstawowym składzie, występując przez pełne 90 minut[9]. 20 marca zdobył swoją pierwszą bramkę dla klubu podczas przegranego 1:3 meczu z ŁKS-em Łódź[10]. Ostatecznie w barwach Zagłębia rozegrał 11 spotkań ligowych i zdobył dwie bramki, zaś po powrocie do Wisły mógł cieszyć się z Mistrzostwa Polski.
Powrót do Wisły
Nowy sezonu z Wiśle Małecki rozpoczął jako rezerwowy. Najczęściej pojawiał się na boisku wchodząc z ławki rezerwowych, nie przeszkodziło mu to jednak w zaliczeniu asyst podczas spotkań z Piastem Gliwice i Górnikiem Zabrze[11]. Kolejny raz asystował podczas derbowego meczu z Cracovią, rozegranym w ramach Pucharu Ekstraklasy[12]. Dzięki dobrym występom Małecki przebił się do podstawowego składu Wisły, wygrywając rywalizację z Wojciechem Łobodzińskim[13]. Przez kibiców Wisły został wybrany najlepszym zawodnikiem klubu w listopadzie[14]. Małecki zakończył sezon z dorobkiem 27 meczów ligowych, w których zdobył 5 bramek, a na dodatek po raz drugi sięgnął z klubem po mistrzostwo kraju.
Kolejne rozgrywki rozpoczął jako podstawowy gracz Wisły, jednak Maciej Skorża zdecydował się przestawić go z pozycji skrzydłowego na ustawionego tuż za Pawłem Brożkiem cofniętego napastnika. Udane występy na początku rundy zaowocowały pierwszym powołaniem do reprezentacji Polski. 1 października 2009 roku Małecki podpisał z klubem nowy, pięcioletni kontrakt[15]. 13 grudnia 2009 roku na gali tygodnika Piłka Nożna został uhonorowany tytułem Odkrycia Roku 2009[16]. Decyzją piłkarzy oraz trenerów klubów Ekstraklasy zdobył również Piłkarskiego Oscara w kategorii „Odkrycie roku – nadzieja na Euro 2012”[17].
9 lipca 2010 roku na obozie przygotowawczym do sezonu 2010/11 Małecki odmówił wejścia na boisko podczas sparingu z Hannoverem 96[18]. Kilka dni później Wisła nałożyła na niego karę finansową, a sam zawodnik przeprosił za swoje zachowanie w oświadczeniu na oficjalnej stronie klubu[19]. Nowe rozgrywki Ekstrklasy Małecki rozpoczął od zdobycia zwycięskiej bramki w spotkaniu pierwszej kolejki z Arką Gdynia[20]. 28 sierpnia w meczu z Polonią Bytom, będącym jednocześnie pierwszym spotkaniem pod wodzą nowego trenera, Roberta Maaskanta, Małecki zdobył bramkę[21], mimo to jednak w kolejnych trzech spotkaniach wchodził na boisko z ławki rezerwowych. Do podstawowego składu Wisły powrócił dopiero 1 października w zremisowanym 0:0 meczu ze Śląskiem Wrocław[22] i od tego czasu na stałe zadomowił się w wyjściowej jedenastce. Zdobywał bramki w spotkaniach z Lechią Gdańsk[23] oraz Legią Warszawa[24], zaś w spotkaniu z Polonią Warszawa po jego zagraniu samobójczego gola dającego zwycięstwo Wiśle strzelił Dariusz Pietrasiak[25]. Rundę rewanżową ponownie rozpoczął od zdobycia zwycięskiej bramki w meczu z Arką[26], a tydzień później podczas wygranego 3:1 meczu z Ruchem Chorzów asystował przy golu Andraža Kirma[27]. W kolejnych spotkaniach, z Widzewem Łódź[28] i Polonią Bytom[29], zdobywał po bramce. 15 maja 2011 roku w meczu derbowym z Cracovią zanotował asystę przy zwycięskim golu Maora Meliksona, zaś Wisła na trzy kolejki przed końcem sezonu zapewniła sobie tytuł Mistrza Polski[30]. Podczas samego spotkania Małecki obraził pomocnika Cracovii, Saïdiego Ntibazonkizę, za co Wisła nałożyła na piłkarza kolejną karę finansową[31].
Pogoń Szczecin
3 stycznia 2014 roku Małecki został zawodnikiem Pogoni Szczecin, z którą związał się 2,5-letnim kontraktem[32]. Już po transferze przyznał, że powodem jego odejścia był konflikt z trenerem Smudą[33]. Już w pierwszym meczu w nowym klubie piłkarz wyszedł w wyjściowym składzie. Łącznie w sezonie 2013/2014 zaliczył 994 minuty, jednak ani razu nie trafił do bramki. Pierwszą asystę zaliczył w następnym sezonie w spotkaniu z Podbeskidziem Bielsko-Biała[34]. We wrześniu 2014 roku, w meczu Pucharu Polski przeciw Dolcanowi Ząbki, Małecki wszedł na boisko na ostatnie 27 minut i strzelił dwie bramki dające Pogoni awans do następnej rundy. W następnym meczu Pucharu Polski, Małecki zerwał więzadła krzyżowe w kolanie[35]. Była to jak do tej pory najpoważniejsza kontuzja w jego zawodowej karierze[36]. Łącznie, biorąc pod uwagę wszystkie rozgrywki Małecki rozegrał w barwach Pogoni 44 mecze, w których strzelił 3 bramki i zanotował 4 asysty.
Drugi powrót do Wisły
14 stycznia 2016 roku, po wygaśnięciu kontraktu z Pogonią Szczecin, Patryk Małecki powrócił do Krakowa. Zawodnik uwielbiany przez tamtejszych kibiców, m.in. z powodu przywiązania do klubowych barw, związał się z Wisłą 2,5-letnim kontaktem[37].
21 czerwca 2019 Zagłębie Sosnowiec poinformowało o podpisaniu z Małeckim dwuletniego kontraktu z opcją przedłużenia o rok[41]. Był to powrót pomocnika do sosnowieckiego klubu po jedenastu latach[42].
13 maja 2021 Małecki został przez Komisję Dyscyplinarną PZPN ukarany dwumiesięczną dyskwalifikacją, a także karą pieniężną w wysokości 10 tysięcy złotych w związku ze zdarzeniami po rozegranym 27 marca meczu Zagłębia ze Stomilem Olsztyn (2:1), w tym uderzenia i kierowania gróźb karalnych wobec pierwszego trenera Stomilu, Adama Majewskiego. Klub już wcześniej zawiesił Małeckiego w prawach zawodnika[43].
Kariera reprezentacyjna
U-15 i U-16
Małecki wielokrotnie reprezentował Polskę w juniorskich oraz młodzieżowych reprezentacjach. 13 kwietnia 2003 roku zadebiutował w reprezentacji Polski do lat 15, w meczu z Rosją. No boisku pojawił się w 41 minucie spotkania. 25 sierpnia zagrał w barwach reprezentacja Polski U-16 w meczu ze Szwecją. W tym spotkaniu zdobył swoją pierwszą bramkę w barwach narodowych. Dwa dni później zagrał w drugim meczu reprezentacji ze Szwecją[44].
U-18
W sierpniu 2005 roku Małecki pojechał razem z reprezentacją Polski do lat 18 na międzynarodowy turniej im. Václava Ježka. W pierwszym meczu turnieju ze Słowacją strzelił jedyną bramkę dla Polaków. W drugim spotkaniu z Węgrami zdobył hat-tricka. Wystąpił również w trzecim meczu grupowym z Ukrainą. W meczu o trzecie miejsce w turnieju reprezentacja Polski zmierzyła się ze Słowenią. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem Polski, a Małecki zdobył pierwszą bramkę dla reprezentacji w tym meczu[44]. Patryk Małecki został wybrany najlepszym zawodnikiem turnieju im. Václava Ježka[45]. 10 listopada zagrał w towarzyskim spotkaniu z reprezentacją Szwajcarii. W kwietniu 2006 roku wystąpił na turnieju „SLOVAKIA CUP 2006”, gdzie zagrał we wszystkich czterech meczach jakie rozegrała reprezentacja Polski do lat 18 na tym turnieju i zdobył z drużyną trzecie miejsce.
U-19
W sierpniu 2006 wystąpił w barwach reprezentacji Polski U-19 w dwóch meczach towarzyskich z reprezentacją Norwegii[44]. W październiku zagrał w trzech meczach pierwszej rundy eliminacyjnej do Mistrzostw Europy U-19[46][47][48]. Reprezentacja Polski zajęła drugie miejsce w grupie i awansowała do drugiej rundy eliminacji[49]. W grudniu Małecki zagrał w dwóch towarzyskich spotkaniach z reprezentacją Portugalii[50]. 6 lutego 2007 roku wystąpił w towarzyskim meczu z reprezentacją Anglii[51]. W meczach drugiej rundy eliminacyjnej do Mistrzostw Europy U-19 już nie zagrał, z powodu kontuzji jakiej doznał w marcu podczas treningu Wisły Kraków.
U-20 i Mistrzostwa Świata
W maju 2007 roku został powołany przez trenera Michała Globisza do reprezentacji Polski do lat 20 na czerwcową konsultację szkoleniową oraz towarzyski turniej który został rozegrany w Jordanii[52]. Małecki przedwcześnie wrócił ze zgrupowania reprezentacji 8 czerwca z powodu kontuzji[53]. Kilka dni później został powołany do kadry na Mistrzostwach Świata U-20 w Kanadzie[54]. Małecki miał pewne miejsce w podstawowym składzie reprezentacji i wystąpił we wszystkich trzech meczach grupowych[55]. W meczu z Brazylią po faulu na nim został podyktowany rzut wolny, z którego zwycięską bramkę zdobył Grzegorz Krychowiak[56]. W spotkaniu z USA asystował przy bramce strzelonej przez Dawida Janczyka[57]. Polacy zajęli drugie miejsce w grupie i awansowali do następnej rundy, w której zmierzyli się z Argentyną. Małecki zaliczył w tym meczu asystę przy jedynej bramce dla Polaków strzelonej przez Janczyka. Polska przegrała to spotkanie 1:3 i odpadła z dalszego turnieju. Małecki grał na mistrzostwach we wszystkich czterech meczach przez pełne 90 minut[56].
U-21
W reprezentacja Polski U-21 zadebiutował 22 sierpnia 2007 roku, w spotkaniu eliminacji do Mistrzostw Europy 2009 z Gruzją[58]. Na boisku pojawił się po przerwie, w 83 minucie meczu asystował przy bramce strzelonej przez Radosława Majewskiego na 3:1 dla Polski. 7 września zagrał w następnym spotkaniu eliminacji z Rosją[59]. 19 sierpnia 2008 roku zagrał przez pełne 90 minut w półfinałowym meczu z Irlandią, podczas Międzynarodowego Turnieju imienia Wałerija Łobanowskiego[60]. W spotkaniu finałowym, w którym Polacy pokonali Bułgarię nie zagrał[61]. 9 września Małecki zagrał w spotkaniu eliminacji Mistrzostw Europy U-21 z Gruzją. W 73 minucie spotkania piłka po jego strzale trafiła w słupek[62]. 27 marca 2009 roku zdobył dwie bramki w towarzyskim meczu z Łotwą, który zakończyło się wynikiem 2:2[63]. 5 czerwca zdobył jedyną dla Polski bramkę w meczu ze reprezentacją Szwecji, która przygotowywała się do występu na Mistrzostwach Europy U-21, które odbyły się w tym kraju[64][65]. 9 czerwca w spotkaniu eliminacji Mistrzostw Europy 2011 z Liechtensteinem asystował przy bramce strzelonej przez Macieja Rybusa. W tym samym meczu piłka po jego strzale trafiła w słupek[66]. 12 sierpnia w towarzyskim meczu z reprezentacją Francji zdobył piękną bramkę z rzutu wolnego. W tym samym meczu asystował również przy golu Macieja Korzyma, a mecz zakończył się wynikiem 2:2[67]. We wrześniu zagrał w meczu eliminacji Mistrzostw Europy 2011 z Hiszpanią. Dostał w tym meczu żółtą kartkę, dlatego nie mógł wystąpić w następnym meczu eliminacji z Finlandią[68]. 9 października, w kolejnym meczu eliminacji z Liechtensteinem, strzelił dwa gole[69]. Cztery dni później w spotkaniu z Holandią nie wykorzystał rzutu karnego, a Polska przegrała mecz 0:4[70].
Reprezentacja seniorska
W październiku 2009 roku został po raz pierwszy powołany do pierwszej reprezentacji Polski przez nowego selekcjonera Franciszka Smudę, na towarzyskie mecze z Rumunią i Kanadą[71]. 14 listopada zadebiutował w reprezentacji Polski, w spotkaniu z Rumunią. Na boisku pojawił się w 70. minucie meczu[72]. Pierwszego gola w seniorskiej reprezentacji strzelił w spotkaniu z Tajlandią. Drugą bramkę zdobył trzy dni później w spotkaniu z Singapurem[73][74].