Urodził się w 1582 r. w Castroverde de Campos, w Kastylii i Leónie, w rodzinie szlacheckiej. Jego rodzicami byli Francisco de Villagómez y Herrera i Inés de Corral y Quevedo, posiadający swoje dobra w Castro Verde de Campos. Kształcił się na Uniwersytecie w Salamance i Sewilli. Uzyskał tam stopień naukowy doktoraprawa kanonicznego. Pracował początkowo jako sędzia w hiszpańskiej inkwizycji. Ponadto sprawował funkcję kanonika w Sewilli. Obie funkcje sprawował przez następne 20 lat.
W Arequipa zorganizował pierwszy synod diecezjalny oraz dokonał wizytacji kanonicznej wielu parafii, co zajęło mu sześć miesięcy (do 1638 r.). Podczas swoich wizyt starał się zwalczać pozostałości po wierzeniach prekolumbijskich. Ze względów zdrowotnych w 1639 r. powierzył działalność misyjną oraz wizytację pozostałych parafii zakonowijezuitów.
Od 1646 r. rozpoczął wizytację arcybiskupstwa. Ufundował wiele nowych kościołów i klasztorów należących do karmelitów i augustianów oraz szpitali przeznaczonych dla ubogich. Trzy lata później opublikował list pasterski, w którym zawarł wskazówki jak nawracać Indian na chrześcijaństwo. Za pośrednictwem urzędnika Avendaño Fernando teksty kazań tłumaczono także na język keczua.
Podczas swoich rządów toczył spory z lokalnymi urzędnikami, w tym z wicekrólemLuisem Enríquezem de Guzmánem, m.in. o obsadzanie stanowisk kościelnych niezgodnie z prawem kanonicznym.
Będąc w podeszłym wieku, chcąc sprostać wymaganiom pracy duszpasterskiej, starał się o wyświęcenie dwóch biskupów pomocniczych: Antonia de Vigo i Blaise'a Aguinagi; jednak zmarł w 1671 r., przed ich konsekracją. Jego serce zostało umieszczone w klasztorze Prado, a jego ciało pochowane w krypcie katedry w Limie.
Enrique S.J Fernández García: Perú Cristiano. Fondo Editorial, 2000. (hiszp.). Brak numerów stron w książce
Rubén Vargas Ugarte: Historia General del Perú. Tercer Tomo. Virreinato (1596-1689). Lima: Carlos Milla Batres, 1966. (hiszp.). Brak numerów stron w książce
Alberto Tauro del Pino: Enciclopedia ilustrada del Perú : síntesis del conocimiento integral del Perú, desde sus orígenes hasta la actualidad. Wyd. 3. T. 2. Lima, Peru: PEISA, 2001. ISBN 978-9972-40-149-7. OCLC48243862. (hiszp.). Brak numerów stron w książce